Why study proteins ? ����������������������������� • -��������������������������������� �������������������������������� � �������������*��������* ������������������� • +��.���/�����������������0��*���� ������������������*����������������� ����� �������.������������0���������*� ������������� �0��������������0������� #12���*����*� ��� ��� => ������0������������������������0��* ���� ��3�( ������������������������������������� ���������)��������������0���������� . ������( ��������������������������������������������������� !"#����$%&'( $��)��*��� +���*�,!! #���������*�������������� Why study protein loops? 6��&%��.�������.5� �������������������� /� • +�������*�������������������4�*����*� (Pauling, 1951) • =���������������5 1 &���������*�������5�*��������*� ##�(/� • =����������������������*�����������������*������� 6����1 α ����*0���1 β #������������������������5 +������������0<�5* 1 ����* /�������������0��##�� ���0���*�����78�( • ����*�9���*��)����.���������*�����������*/� V *�������:*��������� (Benner, 1998) 9;������������������������������ B �������� • ����*/�������������������������������� (Fernandez, 2004) Camproux et al., 2004 #�������������0�.����������� Method #�����������������*����*����8�.�/��-> #������������8�.�/�4- • #5*������������5*�*���� ����1<���* @ @�������*�9�%� 12 �12#$%�&#�343455555 !" #$%�&# ��*����*( (Sander & al., 2006) 555536'( �17 %%��4534 �" '( ����� 555555555'(#�� 1#,#�#��- �������� )" %%�� 4555555553'( 12 18& 1 ���������� *" '(#� 6��&% /�'(0#%-&01�70�%6455555 • ���������������)��1�����*������ ����1<���* @ /� +" ,#�#��- 55555555555',0#�6&2 �1� �" '( [ ] 19%�� ( ) ( ) N w − E N w ." /�'(0#%- ( ) 5'(0#��&112 1#�#&/4345: 1 C*�����/ = Z w [ ] ( ) V N w -��� 1��������������� ���D�)��������(/� = � Np ������������ /�4?�7@@�����*� [ ] ( ) ( ) ( ) E N w L − k + 1 × µ w i • ������������0��6��&%�*���� 44?&����������0���* i = 1 A?3B�*���������������5 #���<���* /�#����� "����E�����&33@( �����>��#� ��.�����������&33?( • ��*���.���.5��8�*���������� ������* �
����1<���* @ ���������� -��*��������������1<���* @ ���*�H • &@'34�����1<���* @� F�'�����*( ��#��9�������������*������.��<����&���������*� � α (� • 3)��1�����*�������8&7�����1<���* @ ��������5��*������*��� *������������������5�A��J( • G)��1�����*����������" <(;�?3�����*/�4'�����1<���* @ �)����� ��� ��� 9;��%B��������* ��������������*����������0�*������1<���* @ ��#� ����� 3�?'L3��J 3�@3J 3�%%J ��#� ����� &�'%L3�8J 3�@@J @�%�J HBDS HVDS YBDS YZDS ZCDS BCDS GFFQ PZCD UFQK BDSK CDSK KHBZ ��#- ����� 9�&�@@J PBQP (653) (184) (164 ) (199) (506) (174) (239) (393) (181) (175) (158) (174) (216) IC-#/�3�@3J +K+�/�3�%�J QPBQ QKHB: BQGI: BQKH: BQLH: DSKG DSLH (232) DSKH DSKK DSKP: DSGI DSPI (248) (195) (209) (162) (204) (183) (153) (276) (234) (233) (322) ��#- ����� 9�&�7@J ��#- ����� 9���?8J PQPB SKGI SLGI PBBQ PBVQ HBBE HBZE HBBQ HBVQ BBQK BBQP -#+!/�3�%4J (160) (177) (158) (307) (180) (154) (199) (379) (198) (189) (231) -��*��������������1<���* @� ���*�H� Amino acid dependence 4'������<���*@����*��������*�����0����#� ����� ���������������������/�N���.��D1���.�����*5����������*���� N��( N���.��D��������.������7?�( ,�('����� I�-# 6�-# -#N6� ��#- ����� 9�G�?J ' % " ' % % N�� " , # 2��������5���!�9�77�%B ! "������ M�����**����������������� 6���0��*���E�������77@( 9�<����<��0���� �)������<��0�����������������.5��������1���� =��0*�E�����&33?( #! #� #) #* #+ #� #. #! #� #) #* #+ #� #. #! #� #) #* #+ #� #. Type loop dependence Preliminary conclusion (Wojcik & al, 1999; Mönnigman & Floudas, 2005) • =���D���������������������/�4?�����1<���* @ • �#�/������*����������������������������������*�������� =���D���������������������� ββ ββ ββ ββ �33 • !�������������������������������1<���*@��������* 83 βα βα βα βα '3 1 #��������� @3 αβ αβ αβ αβ 1 M��0�������D�������������������������0� &3 ���������� 3 αα αα αα αα ��� ��'( ���- ��3& '(0� '(00 ��&0 1 �����������*������������������ 1 ��)�������*�.�����*����<������* (Rhol & al., 2004) ����������;�7������* #0���������O 7������* ?�<���* &%�<���* • �����0����������������/�4&�����1<���* @ • �����������������*�����/� (Panchenko & Madej, 2005) &
Recommend
More recommend