2/12/2015 Disclosures None Meningoencephalitis: Next-Generation Approaches �������������������� ����������������������� ������ ��� ����������������������������������������� Talk Overview Acute Encephalitis Burden: U.S. • ������������������������� • )*�***����������+��������������� • ��������������������� ���������� • ,)������������������������������� • ��!�"�������������#��������$�%&' • -.������������/����� – (�����!������ • 0*.����������� ����123���"��������� • 04.����������� �������������������� 3��� ���������������������)*0567)8559"5:0 • 1
2/12/2015 Encephalitis of Unknown Etiology Why Is Diagnosis So Difficult? • ;�:*.������ �����������)-����50�������� • ;0**����������������������������� – �����!������������������������������������� • 2������/�������������A • (�����������������������<��=��� – @�����������"�������� – 4���� $0�:4*������'8�-9.��������������� � – 3��������� – (��������/����������������� %������� >�������������������)*0*64:8?)5"?9) • %������(@���������(2��)**-65980:-:"0:44 • Traditional Diagnostic Techniques Tissue Sample • 3����"���������������������������������� RNA/DNA • @������������/������������� • 3������������ • ������������ Fragment and PCR Amplify – 1�������������������� – �������������������� – ������������������� Illumina Sequence B����� @����������(2��)**765489*9"9)4 • 2
2/12/2015 Raw Sequence “CASAVA” Base-caller NGS: Three Niches to Fill 0' 2����������/�������������/������� Very Fast alignment - uses the Burroughs Wheeler Remove Human “bowtie” ��������� Transform )' 2�������������������������/������� Use the remainder Fast alignment to very large ����������� ������������������������ to search all of sequence collections “gsnapl” GenBank 9' 2������������������������������#������� ������������������� Match “hits” to taxonomy MySQL Database lookups <��������%�����������>��)**769:78??0"??7 • &�������� ��������������� )*0)6058�**07*"0) • (����(C����������(2��)**-659840"4- • Case #1 Case #1 • 05�����"�������� ������/������������� • 05�����"�������� ������/������������� ���������������� ���������������� • @������������������ ���������� • @������������������ ���������� • <������������������� ����)��������������� • <������������������� ����)��������������� ���������� ������������ ���������� ������������ – ��#��������������23���������������� – ��#��������������23���������������� • ��/��������������� ������������������� ��������������������>��)*05694*8)5*7")504 ��������������������>��)*05694*8)5*7")504 • • 3
2/12/2015 • D��������������<���������� • D��������������<���������� – & ������������ ������������������ – & ������������ ������������������ • D�/��������������������=�����/���� • B��������������� • (���������������/����/���)������� – <������������$����������' – (�������!�����$����������' – ����!������������������2B< • D������/�������������������D������ • D������/�������������������D������ • @������������-������������������������/��� ���0*9 � D • �����������0����������� ������������������ ��/��������������� • ������/������������� ���"�� – �������"�����/���� – (���������/���� – ������������/���������� – ������/���� 4
2/12/2015 • (������������������ • &����������������������/�������� – 0):�����������F�� 9� $07.��������������:).� �������� �����������' • �� ������������ – *����������������F�� 9 • E������������������������ – <�������?4���F�� – %�������)5���F�� • 2�������������������������� – %����������������������������/� • :��������������������� ������������/���0� • ��2������������� ����� • @����������������/������������� ���"�� • ����������������������/����� • B���������������������/�������������� • (&D �������� ������������������������������ – 0*?���(�$0-.���������������� �������97.� /������� �����������' – *���( • )��������������!�������/�� – <�������0-)���F�� – %�������04���F�� – %����������������������������/� 5
2/12/2015 • Histoplasma Ag • West Nile virus • Blastomyces Ag • Borrelia Burgdorferi PCR • Bartonella PCR • Parainfluenza virus • Cryptococcal Ag • Metapneumovirus • Adenovirus • Enterovirus/Rhinovirus • CMV, HSV, EBV, VZV • Coronavirus • HHV-6, 7, 8 • Bocavirus Influenza A, B Powassan virus • • • Respiratory syncytial virus • CA Encephalitis virus • JC virus • Fungal culture • Mumps virus • Bacterial culture • Aspergillus Ag • 16s rRNA PCR • Toxoplasma gondii • BK virus • Parvovirus B19 6
Recommend
More recommend