dna rna targeted molecular analysis of bacterial
play

DNA/RNAtargeted molecular analysis of bacterial communities Lysis, - PowerPoint PPT Presentation

DNA/RNAtargeted molecular analysis of bacterial communities Lysis, DNA/RNA DNA/RNA extraction purification PCR/RTPCR amplification of 16S rRNA or functional genes


  1. DNA/RNA�targeted molecular analysis of bacterial communities Lysis, DNA/RNA DNA/RNA extraction purification ����������� ��� �������� PCR/RT�PCR amplification of 16S rRNA or functional genes Identification Cloning Sequencing Phylogenetic analysis Fingerprinting: DGGE, TGGE, RFLP, t�RFLP, SSCP �

  2. The universal SSU rRNA tree Bacteria, 1998 ����������� ��� �������� Hugenholtz ����� . 1998 ����������� 180, 4765– 4774. �

  3. Nitrification ����#�����"� N flux ��"�����#����� 1.5 x 10 15 g soil N y �1 ����������� ���#��� 6 x 10 15 g marine N y �1 �$����� � ��"������ �� � �� � ����������� �##����� �������� �� � ��"������ �$������� �$������� ��� ���� �� % �� �������� � � � �� �� ���� �� � �� � �� � � �� � �� % � � � � � � ���#��� �� � � �� � � �� � � ���#��� ������������� ������������������������ � �� � &��!���� �������� TEM Image credit: W.J. Hickey, University of Wisconsin�Madison, 2006. ���!��" ��������������� ��������������������� ��������������� �

  4. Ammonia oxidiser taxonomy ������������ ������������ ������������������ ������������������ ����������� ��� ������������ ������������ ������������� ������������ ������������ ������������� �������� ������������� ������������� ������������������� ������������������� �

  5. ����������*��������������� ����������*��������������� ������������ ������������ ������������ ������������ ��3������ ���������� Cluster 5 ��12�� ���������� ��3���!� ���������� Cluster 2 ��3����� ��������� ��3������ ���������� ��3������ ���������� ��������� !� ��6)�� �*71,*��� �������� �*71,*��� ���������� �*71,*%"�� �������� �*71,*%"�� ���������� ��������� !� ������������������� ���2�"�� �������"� �����-�� �������#� �������� ���������������������� ������ �*71,*%"�� ��!������ !� �*71,*%"& �������� ��3������ ������$� ����������� ��3���� � �����%�� �������� ��1)�� ������������� �����)!���)�9���� �����&�� ��6)�� ��������&� ��)�� ������&� ��� ��1)�� ������������� ��������������� ���������������������� ��9������� ��������'� ��6)�..� �������� ��6)�.� �����"�� Cluster 3 �������� ��1)�� ���������� !� �)*+��,,��!� ��1)�� ��$������ !� Cluster 6 ��62�� ���������� !� ��62�� ��&������ !� �)*+��,,�8�� ��12�� ���������� ��3���� � �����&�� ��)�& ������������� ��������������� ����������������������� ���2�"�� ��)��� ����$����� ��62�� ����$������ )*+��,,��!� ������������� ���������������� )*+��,,�8��� �)*+��,,�� ���������� ���������������������� ���2�"�� Cluster 7 ��������� !� )*+��,,�� �������������������� ��������������� )*+��,,�&$ )*+��,,�&$ )*+��,,��& )*+��,,��� ������������������������� ������ ���������������������� ������ ��12�� �)*+��,,��� ���������� !� ��1)�� ��12�� ��3���&� ������������������������ ��3������ ��������������� ��3���$� ����������������������� ������ ���������������������� ��3����$� Cluster 1 ���������������������� ��3���$� �������������������� ��3������ ����������� ! ��������������������� ��3������ ��3���!� Reference )*+��41�5�-!� ��3����!� ��3������ β �proteobacteria ��3������ )*+��,,�!& )*+��41�5�%� ��3����� ��3��� � ��3����� �����&!� �������� �������%(� )*+��,,�-%&� ,������������ Stephen ��� �������� � ��������&� �������'�� Cluster 4 ���������� +��� ���&������ !� �� ., 1996 ���./0�-��� ������������� ��������������� ���./0�-��� !� ��������$� AEM 62, &����� �������� � ���-��� !� ����$���$� 4147�54. '() +���"� �

  6. -�������������!������������� �##������$������� • .��� � '�#�� '�#�� • .�� ����!����� ���������� • . � +� % �!���� ����� ����������� • ������� ����� ��� • ���� �������� '�#"���" �' ���� '(�" '(�" Webster ��� �� ., 2005 ��� ����� �������##������������������������������/ 7, 676�684. �

  7. ����������������������������� ������� �������� �������� �� �� �� ����������� ��� '1(( �����"�������5�36"�#� �' 4 �������� '0(( '%(( 7 �� % �� %7 '�(( '((( 7����� 1(( 7����� 0(( %(( � ���� � ���� �� � �� � �� �� � �� � �� �(( Webster ��� 7 �� % %7 �� �� ., 2005 ( ��� ����� 7, ( �( %( 0( 1( '(( 676�684. 2�#��3����4 �

  8. ���������������������������� ������� �������� �������� �� �� �� ����������� ��� '%(( �����"�������5�36"�#� �' 4 �������� '�(( �� % �� %7 7 '((( 7����� 7����� 1(( 0(( %(( �� � �� � �� � � ���� ���� �(( Webster ��� �� � � �� �� �� % �� %7 7 �� ., 2005 ( ��� ����� ( �( %( 0( 1( '(( 7, 676�684. 2�#��3����4 �

Download Presentation
Download Policy: The content available on the website is offered to you 'AS IS' for your personal information and use only. It cannot be commercialized, licensed, or distributed on other websites without prior consent from the author. To download a presentation, simply click this link. If you encounter any difficulties during the download process, it's possible that the publisher has removed the file from their server.

Recommend


More recommend