SynBIGreen Synthe'c Biology Indonesia Go Green Synthe'c - - PowerPoint PPT Presentation

Synthe'c ¡Biology ¡Indonesia ¡Go ¡Green ¡ SynBIGreen ¡ Synthe'c ¡Biology ¡Indonesia ¡Go ¡Green ¡

BACKGROUND ¡

PLASTIC ¡WASTE ¡

Widely ¡used ¡in ¡various ¡ applica'on ¡ Many ¡of ¡plas'cs ¡are ¡ unbiodegradable ¡ PET ¡takes ¡500 ¡or ¡even ¡ 1000 ¡years ¡to ¡degrade ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

WHOLECELL ¡BIOCATALYST ¡

PROJECT ¡OVERVIEW ¡ Reporter ¡ Module ¡

Regulatory ¡ Module ¡

DegradaCon ¡ Module ¡

ConverCon ¡ ¡ Module ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

DEGRADATION ¡MODULE ¡

CONVERTION ¡MODULE ¡

REPORTER ¡MODULE ¡

REGULATORY ¡MODULE ¡

OmpA ¡– ¡LC ¡CuCnase ¡

ASSAY ¡METHOD ¡

SDS-­‑ Page ¡ SEM ¡ Chromic ¡ Acid ¡ Assay ¡ pNPP ¡ Assay ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

SDS ¡PAGE ¡

Ladder ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡1 ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡2 ¡

50 ¡kD ¡ Figure ¡6 ¡ 1 : ¡Supernatant ¡of ¡

• E. ¡coli ¡contain ¡

OmpA-­‑LC ¡ Cu'nase ¡ 2 : ¡Pelet ¡of ¡E. ¡coli ¡ contain ¡OmpA-­‑ LC ¡Cu'nase ¡ 3 : ¡E. ¡coli ¡BL21 ¡ Supernatan ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

Ladder ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡3 ¡

A ¡ B ¡ Figure ¡1. ¡

• A. Control ¡(PET ¡plas'c ¡incubated ¡in ¡medium) ¡
• B. PET ¡plas'c ¡aQer ¡treatment ¡with ¡ompA-­‑LC-­‑Cu'nase ¡(ITB) ¡

SCANNING ¡ELECTRON ¡ MICROSCOPY ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

B ¡ Figure ¡2. ¡

• A. PET ¡plas'c ¡aQer ¡treatment ¡with ¡ompA-­‑LC-­‑Cu'nase ¡(ITB) ¡
• B. PET ¡plas'c ¡aQer ¡treatment ¡with ¡LC-­‑Cu'nase ¡(UC ¡Davis) ¡

SCANNING ¡ELECTRON ¡ MICROSCOPY ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡ A ¡

CHROMIC ¡ACID ¡ASSAY ¡

Figure ¡2. ¡Ethylene ¡Glycol ¡Absorbance ¡from ¡LC ¡ITB ¡and ¡LC ¡UC ¡Davis ¡

0.264 ¡ 0.266 ¡ 0.000 ¡ 0.229 ¡ 0.510 ¡ 0.212 ¡ 2 ¡ 4 ¡ 6 ¡

Absorbance ¡Vs ¡IncubaCon ¡Time ¡

ITB ¡ UC ¡Davis ¡

Figure ¡3. ¡Ethylene ¡Glycol ¡Concentra'on ¡from ¡LC ¡ITB ¡and ¡LC ¡UC ¡Davis ¡

0.000 ¡ 0.100 ¡ 0.200 ¡ 0.300 ¡ 0.400 ¡ 0.500 ¡ 0.600 ¡ 0.700 ¡ 0.800 ¡ 0.900 ¡ 2 ¡ 4 ¡ 6 ¡ Ethylene ¡Glycol ¡Conc ¡(ppm) ¡ Time ¡(hours) ¡

Ethylene ¡Glycol ¡ConcentraCon ¡LC ¡ITB ¡and ¡LC ¡UC ¡Davis ¡

UC ¡Davis ¡ ITB ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

Figure ¡5. ¡LC-­‑Cu'nase ¡ac'vity. ¡The ¡enzyma'c ¡ac'vity ¡was ¡determined ¡at ¡60°C ¡in ¡ assay ¡condi'on ¡using ¡pNP-­‑palmitate ¡(C16) ¡as ¡a ¡substrate. ¡The ¡experiment ¡was ¡ carried ¡out ¡twice. ¡

Control ¡(BL21) ¡

• mpA-­‑LC-­‑Cu'nase ¡from ¡

ITB_Indonesia ¡ ¡ LC-­‑Cu'nase ¡UC ¡Davis ¡2012 ¡ Ac'vity ¡ 0.2244 ¡ 0.5173 ¡ 11.4373 ¡

0.0000 ¡ 2.0000 ¡ 4.0000 ¡ 6.0000 ¡ 8.0000 ¡ 10.0000 ¡ 12.0000 ¡ 14.0000 ¡

Unit/mL ¡

AcCvity ¡of ¡LC-­‑CuCnase ¡(60°C) ¡

pNPP ¡ASSAY ¡

Control ¡(BL21) ¡

• mpA-­‑LC-­‑Cu'nase ¡from ¡

ITB_Indonesia ¡ ¡ LC-­‑Cu'nase ¡UC ¡Davis ¡2012 ¡ Ac'vity ¡ 0.4238 ¡ 0.8103 ¡ 10.6956 ¡

0.0000 ¡ 2.0000 ¡ 4.0000 ¡ 6.0000 ¡ 8.0000 ¡ 10.0000 ¡ 12.0000 ¡

Unit/mL ¡

AcCvity ¡of ¡LC-­‑CuCnase ¡(25°C) ¡ Figure ¡4. ¡LC-­‑Cu'nase ¡ac'vity. ¡The ¡enzyma'c ¡ac'vity ¡was ¡determined ¡at ¡25°C ¡in ¡ assay ¡condi'on ¡using ¡pNP-­‑palmitate ¡(C16) ¡as ¡a ¡substrate. ¡The ¡experiment ¡was ¡ carried ¡out ¡twice. ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

Figure ¡8. ¡The ¡correla'on ¡of ¡cu'nase, ¡inclusion ¡body, ¡and ¡blue ¡ protein ¡produc'on ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

Figure ¡9. ¡PET ¡Degrada'on ¡VS ¡Ethylene ¡Glycol. ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

Advantage ¡

• Whole ¡Cell ¡Biocatalyst ¡
• Cons'tu've ¡Promoter ¡(More ¡economical) ¡
• Self ¡Regulatory ¡
• More ¡Applicable ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

Human ¡PracCces ¡

Teams ¡ Meetup ¡ QuesConnaire ¡ Interview ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

Synbio ¡ Class ¡ CollaboraCon ¡

Biology ¡ EducaCon ¡ Expo ¡

32% ¡ 29% ¡ 22% ¡ 17% ¡

SyntheCc ¡Biology ¡Related ¡Problems ¡

Environment ¡ Health ¡ Energy ¡ Food ¡and ¡ Nutri'on ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

SynBIGreen ¡ QuesConnaire ¡

47% ¡ 16% ¡ 37% ¡

PlasCcs ¡Usage ¡Frequency ¡

OQen ¡ Very ¡OQen ¡ Rare ¡ 40% ¡ 32% ¡ 27% ¡ 1% ¡

Aber ¡Use ¡PlasCc ¡Bocle ¡Treatment ¡

Wasted ¡ ¡ Reused ¡ Collected ¡ Other ¡

SynBio ¡IntroducCon ¡in ¡UniversiCes ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

Pasundan ¡University ¡ Indonesia ¡University ¡of ¡ EducaCon ¡

SynBio ¡Class ¡in ¡ITB ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

SynBio ¡Indonesia ¡Teams ¡Meetups ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

Fun ¡ with ¡ Kids ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

Media ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

SynBio ¡in ¡Social ¡Media ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

ACHIEVEMENTS ¡

• Designed ¡several ¡new ¡BioBricks ¡ ¡
• Characterised ¡our ¡BioBricks ¡BBa_K1387006 ¡
• Helped ¡UB_INDONESIA ¡2014 ¡Team ¡by ¡debugging ¡their ¡

construct ¡(BBa_K1367006 ¡and ¡BBa_K1367007) ¡

• Characterised ¡an ¡exis'ng ¡BioBrick ¡Device ¡(BBa_K936020) ¡

from ¡UC ¡Davis ¡

• Developed ¡new ¡method ¡using ¡chromic ¡acid ¡for ¡ethylene ¡

glycol ¡assay ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

ACKNOWLEDGEMENT ¡

• General ¡Support ¡: ¡
• Dr. ¡Sony ¡Suhandono, ¡Dr. ¡Dessy ¡Natalia, ¡Dr. ¡Maelita ¡R. ¡Moeis ¡Dr. ¡Dessy ¡

Natalia ¡ ¡

• Modeling ¡Support ¡: ¡

Melia ¡Silmi, ¡Faisal ¡Rahmananda ¡and ¡Dr. ¡Mochamad ¡Apri ¡ ¡

• Imaging ¡Support ¡: ¡

Faculty ¡of ¡Mathema'cal ¡and ¡Natural ¡Science ¡Ins'tut ¡Teknologi ¡Bandung ¡ helped ¡with ¡the ¡Scanning ¡Electron ¡Microscope ¡(SEM) ¡

• Video ¡Support: ¡

Muhammad ¡Daniel ¡Sep'an ¡

• Wiki ¡Support ¡

Riandy ¡Rahman ¡Nugraha ¡

THANK ¡YOU ¡

PARTS ¡

HUMAN ¡PRACTICE ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡