Intoduc(on to sizing DNA on Agarose Gel HC70AL - - PDF document

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Intoduc(on to sizing DNA on Agarose Gel HC70AL Summer2014 8/5/14 By Mike Lyons How can we determine the size of a DNA fragment? 1)

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Intoduc(on ¡to ¡sizing ¡DNA ¡

n ¡Agarose ¡Gel ¡

HC70AL ¡ Summer2014 ¡ 8/5/14 ¡ ¡ By ¡Mike ¡Lyons ¡

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How ¡can ¡we ¡determine ¡the ¡ size ¡of ¡a ¡DNA ¡fragment? ¡

1) ¡What ¡is ¡gel ¡electrophoresis? ¡ 2) ¡What ¡causes ¡the ¡different ¡ DNA ¡pieces ¡to ¡move ¡at ¡ different ¡rates? ¡ 3) ¡How ¡do ¡we ¡know ¡the ¡sizes ¡

f ¡DNA ¡fragments ¡1, ¡2, ¡and ¡3? ¡

1 ¡ 2 ¡ 3 ¡ Close ¡up ¡of ¡agarose ¡gel ¡matrix ¡ 1Kb ¡plus ¡ladder ¡ 100bp ¡ladder ¡

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How ¡is ¡a ¡gel ¡made? ¡

1) ¡What ¡are ¡the ¡ components ¡of ¡an ¡ agarose ¡gel? ¡ AGAROSE ¡ TAE ¡BUFFER ¡ 2) ¡How ¡do ¡we ¡ create ¡a ¡gel? ¡ 3) ¡How ¡do ¡we ¡get ¡the ¡DNA ¡into ¡the ¡gel? ¡ GEL ¡CAST ¡ POWER ¡SUPPLY ¡

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How ¡does ¡the ¡DNA ¡move ¡ across ¡the ¡gel? ¡

1) ¡What ¡is ¡the ¡structure ¡of ¡DNA? ¡ 2) ¡How ¡can ¡an ¡electric ¡ current ¡cause ¡DNA ¡to ¡ move? ¡ ¡ 3) ¡How ¡do ¡we ¡know ¡how ¡far ¡ the ¡DNA ¡has ¡traveled? ¡ ¡

‑About ¡4kb ¡in ¡

1% ¡agarose ¡

‑About ¡400bp ¡

In ¡1% ¡agarose ¡

4) ¡How ¡do ¡we ¡visualize ¡the ¡DNA ¡in ¡the ¡gel? ¡

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What ¡factors ¡affect ¡the ¡rate ¡of ¡DNA ¡ migra(on ¡in ¡agarose ¡gels? ¡

1. Size ¡of ¡DNA ¡fragment ¡

2. Agarose ¡concentra(on ¡
The ¡higher ¡the ¡concentra(on, ¡the ¡

denser ¡the ¡gel, ¡and ¡the ¡beWer ¡the ¡gel ¡ can ¡separate ¡small ¡molecules ¡

3. Applied ¡voltage ¡
Rate ¡of ¡migra(on ¡is ¡propor(onal ¡to ¡

applied ¡voltage ¡ ¡

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What ¡are ¡the ¡steps ¡in ¡the ¡gel ¡ electrophoresis ¡process? ¡

1 ¡ 2 ¡ 3 ¡ 4 ¡ 5 ¡ 6 ¡

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What ¡are ¡the ¡steps ¡in ¡the ¡gel ¡ electrophoresis ¡process? ¡(conInued) ¡

7 ¡ 8 ¡ 9 ¡