Genomics infrastr Genomics infrastruc ucture f ure for NGS r NGS - - PowerPoint PPT Presentation

2013 ¡Winter ¡School ¡ Mark ¡Crowe, ¡July ¡2013 ¡ Genomics infrastr Genomics infrastruc ucture f ure for NGS r NGS

Exper xpertise infrastr tise infrastruc ucture ure

• What ¡is ¡your ¡experimental ¡goal? ¡
• Is ¡NGS ¡really ¡the ¡right ¡technology? ¡
• How ¡will ¡you ¡manage: ¡

– Data ¡collecFon? ¡Data ¡storage? ¡ Analysis? ¡StaFsFcs? ¡

When to ask a hen to ask adv dvic ice e

BEFORE ¡ ¡

you ¡start ¡your ¡project ¡

Sequencing infrastr Sequencing infrastruc ucture ure

agr agrf.o .org.au g.au www.ramaciot w.ramaciotti.uns ti.unsw.edu.au w.edu.au

• ACRF ¡centres ¡
• Local ¡(department/insFtute) ¡services ¡

Bioinf Bioinformatics infrastr rmatics infrastruc ucture ure

• ‘Support’ ¡rather ¡than ¡research ¡

– Accessible ¡to ¡biologists ¡ – Stable ¡and ¡documented ¡

• SoWware, ¡hardware ¡and ¡experFse ¡

EMBL

BRAustralia

The ch The challenges of allenges of Bioinf Bioinformatics suppo rmatics support t

In ¡house ¡ Outsource ¡ Collabora1on ¡ Cloud ¡ Infrastructure ¡ So5ware ¡ Training ¡ Sta1s1cs ¡ Exper1se ¡ Cost ¡

Going i Going it alone t alone

• Networking ¡and ¡community ¡for ¡

bioinformaFcians ¡

• Yammer ¡channel ¡
• Conference ¡and ¡naFonal ¡bioinformaFcs ¡society ¡
• Web, ¡twiZer ¡

australianbioinformatics.net @ausbionet

• Training ¡

– 3 ¡day ¡NGS ¡analysis ¡workshops ¡

• Embedded ¡bioinformaFcians ¡

– Associated ¡with ¡BPA ¡infrastructure ¡

• Reference ¡datasets ¡

– Dedicated ¡bioinformaFcs ¡support ¡ www.bioplatforms.com.au

Genomics V Genomics Vir irtual Lab ual Lab

www.genome.edu.au

Galaxy: simplifying bioinformatics

Galaxy: simplifying bioinformatics

GVL on t VL on the cloud he cloud

• NeCTAR ¡research ¡cloud ¡– ¡a ¡free ¡resource ¡

for ¡Australian ¡researchers ¡

• GVL ¡provides ¡Galaxy ¡and ¡CloudBioLinux ¡

NeCTAR ¡instances ¡

hZp://nectar.org.au ¡

• The ¡NCI ¡NaFonal ¡Facility ¡supports ¡

Australian ¡research ¡through ¡the ¡use ¡of ¡ high-­‑end ¡computaFonal ¡resources ¡

• The ¡NCI ¡Specialised ¡Facility ¡in ¡

BioinformaFcs ¡offers ¡NCI ¡support ¡tailored ¡ for ¡the ¡life ¡science ¡community ¡

www.ncisf.org

NCI-SF infrastr NCI-SF infrastruc ucture ure

• Computer ¡scienFsts, ¡bioinformaFcians, ¡and ¡

IT ¡professionals ¡

• High ¡Performance ¡CompuFng ¡

– 384 ¡compute ¡nodes ¡ – 3144 ¡CPU ¡cores ¡ – 11.5TB ¡RAM ¡ – 24 ¡Teraflops ¡of ¡performance ¡ – 280TB ¡shared ¡disk ¡ ¡

• 35TB ¡of ¡BioinformaFcs ¡ ¡

databanks ¡

• >150 ¡bioinformaFcs ¡tools ¡and ¡applicaFons ¡

Acc Access to NCI-SF ess to NCI-SF

• Directly, ¡through ¡Partner ¡shares: ¡

– UQ ¡ – CSIRO ¡ – QCIF ¡(CQU, ¡GU, ¡JCU, ¡QUT, ¡UQ, ¡USQ, ¡USC) ¡ – QCMG ¡ – QFAB ¡

• Through ¡NaFonal ¡Merit ¡ApplicaFon ¡Scheme ¡

h=p://nf.nci.org.au/accounts/ ¡ ¡

• BioinformaFcs ¡Resource ¡Australia ¡– ¡EMBL ¡

¡

• Developed ¡out ¡of ¡the ¡EBI ¡mirror ¡project ¡
• Enable ¡opFmal ¡exploitaFon ¡of ¡the ¡tools ¡and ¡data ¡
• f ¡bioinformaFcs ¡by ¡Australian ¡scienFsts ¡
• Contribute ¡to ¡the ¡global ¡biomolecular ¡informaFon ¡

infrastructure ¡in ¡a ¡way ¡which ¡showcases ¡ Australian ¡science ¡

EMBL

BRAustralia

braembl.org.au

BR BRAEMBL resourc AEMBL resources es

• FTP ¡site ¡– ¡mirror ¡of ¡13TB ¡of ¡EBI ¡data ¡
• Local ¡ENSEMBL ¡browser ¡
• ProgrammaFc ¡access ¡to ¡data ¡and ¡tools ¡via ¡

Web ¡Services ¡technologies ¡

• Survey ¡on ¡bioinformaFcs ¡needs ¡

Most use Most useful t ful thing? ing?

Abou About QF t QFAB AB

QFAB ¡delivers ¡bioinformaFcs ¡ services ¡to ¡analyse ¡and ¡ manage ¡large-­‑scale ¡datasets ¡ Our ¡support ¡includes ¡ experimental ¡design ¡and ¡data ¡ capture ¡through ¡to ¡NGS ¡and ¡ ‘omics ¡analyses. ¡ ¡

qfab.org @QFAB_Bioinfo

ComputaFonal ¡Biology ¡

• K. ¡Le ¡Cao ¡
• X. ¡Chua ¡
• R. ¡Legaie ¡
• J. ¡Straube ¡

Or Organisation ganisation

IT/GRID Specialist IT/GRID Infrastructure

¡ ¡

Research & Support Specialist Research Community Bioinformatics/Statistics Tools, Data & Skills

Senior ¡Management ¡Team ¡

• J. ¡Barker ¡
• D. ¡Gorse ¡
• M. ¡Desselle ¡
• S. ¡Rudd ¡
• M. ¡Crowe ¡

Data ¡Specialists ¡

• J. ¡Parsons ¡
• P. ¡Chaumeil ¡
• A. ¡Kunert ¡
• N. ¡Rhodes ¡

Currently ¡recrui1ng ¡a ¡Computa1onal ¡Biologist ¡to ¡join ¡the ¡team ¡ ¡

Ot Other bioinf her bioinformatics prov rmatics provider ders s

• Victorian ¡Life ¡Science ¡ComputaFonal ¡IniFaFve ¡

(VLSCI) ¡and ¡Life ¡Science ¡ComputaFon ¡Centre ¡

¡

• Centre ¡for ¡ComparaFve ¡Genomics, ¡WA ¡

www.vlsci.org.au ccg.murdoch.edu.au

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