What is noise? Fluorescence Fluorescence Time Time - - PowerPoint PPT Presentation

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What is noise? Fluorescence Fluorescence Time Time Dual-Reporter System A Figure taken from: Elowitz et al , 2002. Motivation Network Efficiency Network Stability

SLIDE 1

SLIDE 2

What is noise?

Time ¡ Time ¡ Fluorescence ¡ Fluorescence ¡

SLIDE 3

Figure ¡taken ¡from: ¡Elowitz ¡et ¡al, ¡2002. ¡ ¡

Dual-Reporter System

SLIDE 4

Network ¡Efficiency ¡
Network ¡Stability ¡
Safety ¡

Motivation

SLIDE 5

Promoter ¡ Promoter ¡ RBS ¡ RBS ¡ YFP ¡ CFP ¡ DT ¡ DT ¡

Dual-Reporter Plasmid

SLIDE 6

Plasmid Fluctuation Model

m: ¡ ¡ ¡mRNA ¡copy ¡number ¡in ¡a ¡cell ¡ f: ¡ ¡ ¡fracHon ¡of ¡Hme ¡cell ¡has ¡2 ¡gene ¡copies ¡

SLIDE 7

Plasmid Fluctuation Model

¡ ¡ ¡M: ¡mRNA ¡copy ¡number ¡in ¡a ¡cell ¡ ¡ ¡R: ¡ ¡ ¡ ¡ ¡mRNA ¡transcripHon ¡rate ¡from ¡a ¡single ¡gene ¡ ¡ ¡G: ¡AddiHonal ¡plasmid ¡copies ¡in ¡cell ¡

SLIDE 8

SLIDE 9

BBa_K17950023

galK Integrator

¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡Backbone ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡H1 ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡Pref ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡Suff ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡KanR ¡ ¡ ¡ ¡H2 ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡Backbone ¡

Part ¡to ¡be ¡integrated ¡inserted ¡between ¡prefix ¡and ¡suffix ¡on ¡modified ¡backbone. ¡ PCR ¡up ¡assembly ¡with ¡integraHon ¡primers. ¡This ¡is ¡now ¡ready ¡to ¡be ¡integrated. ¡

SLIDE 10

Double Integrations

SLIDE 11

Noise Analysis

EquaHon ¡taken ¡from: ¡Elowitz ¡et ¡al., ¡2002. ¡

SLIDE 12

SLIDE 13

dCas9-mediated Repression

Figure ¡taken ¡from: ¡ Qi ¡et ¡al., ¡2013. ¡ ¡

SLIDE 14

dCas9-mediated Repression

SLIDE 15