Introduc)on to Programming using Python Programming Course - - PowerPoint PPT Presentation

Introduc)on ¡to ¡Programming ¡ using ¡Python ¡

Programming ¡Course ¡for ¡Biologists ¡ WC-­‑16 ¡ David ¡Knox ¡and ¡Phil ¡Richmond ¡

Dic)onary ¡Data ¡Type ¡

• Similar ¡to ¡Word ¡Dic)onary ¡

– Lookup ¡by ¡Word ¡ – Find ¡defini)on(s) ¡

Dic)onary ¡is ¡a ¡Table ¡

Key ¡ Value ¡

Dic)onary ¡is ¡a ¡Table ¡

Key ¡ Value ¡ 'EcoRI’ 'gaattc' 'BamHI’ 'ggatcc' 'HindIII’ 'aagctt' … …

dict() ¡

• Create ¡new ¡dic)onary ¡

¡enzymeRestrictions = dict()

• Add ¡item ¡to ¡the ¡dic)onary ¡

enzymeRestrictions[“EcoR1”] = ‘gaattc’

• Get ¡value ¡for ¡item ¡

seq = enzymeRestrictions[“EcoR1”]

• Check ¡for ¡item ¡in ¡dict ¡

enzymeRestrictions.has_key(‘HindIII’)

• Replace ¡Item ¡

enzymeRestrictions[“EcoR1”] = ‘GAATTC’

Dic)onary ¡is ¡a ¡Table ¡

Key ¡ Value ¡ ’TATA’ 5 ’GATA’ 6 ’CATA’ 1 … …

Dic)onary ¡is ¡a ¡Table ¡

Key ¡ Value ¡ 105387 [‘GAL10’,‘GENE’, ‘+’,’TSS’, ‘DOUBIOUS’] 105935 [‘LTR’, …] 106702 [ ‘GAL1’, ‘GENE’, …] … …

Compare ¡Data ¡Types ¡and ¡Methods ¡

Dic)onary ¡Methods ¡

• Ini)aliza)on ¡of ¡dic)onary ¡ ¡

d = {‘key1’:’v1’, ‘key2’:’v2’, …}

• Get ¡list ¡of ¡the ¡keys ¡in ¡a ¡dic)onary ¡ ¡

d.keys() - order ¡of ¡the ¡keys ¡is ¡unknown ¡

• Get ¡a ¡list ¡of ¡the ¡values ¡in ¡a ¡dic)onary ¡

d.values()

• Itera)on ¡through ¡the ¡dic)onary ¡

for key,value in d: print key,”:”,value

Summary ¡WC-­‑16 ¡

• Dic)onary ¡Data ¡Type ¡
• Contains ¡Keys ¡and ¡Values ¡
• Lookup ¡Table ¡ ¡
• Look ¡by ¡key ¡
• Key ¡is ¡unique ¡
• Value ¡can ¡be ¡any ¡object ¡ ¡

(including ¡a ¡dic)onary) ¡