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Biocode Field Informa0on Management System (FIMS) John - - PowerPoint PPT Presentation
Biocode Field Informa0on Management System (FIMS) John - - PowerPoint PPT Presentation
Biocode Field Informa0on Management System (FIMS) John Deck, UC Berkeley TDWG, 2014 Manage data on the following field-based ac0vi0es and data
SLIDE 2
SLIDE 3
Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ Biocode,LLC ¡ 3 ¡
Offline ¡data ¡entry ¡ Robust ¡ Data ¡valida0on ¡ GUIDs ¡at ¡the ¡source ¡
System ¡Requirements ¡
Retain ¡and ¡archive ¡all ¡versions ¡
SLIDE 4
FIMS ¡Workflow ¡
Create ¡ Project ¡ Create ¡Project ¡
- Valida0on ¡rules ¡for ¡data ¡
- Lookup ¡lists ¡
- Iden0fier ¡policies ¡
¡ Spreadsheet ¡ Template ¡ Generate ¡Spreadsheet ¡Template ¡
- User ¡sets ¡what ¡columns ¡they ¡want ¡to ¡see ¡
- Creates ¡an ¡Excel ¡Spreadsheet ¡for ¡use ¡ ¡
¡ Enter ¡Data ¡ Enter ¡Data ¡on ¡Spreadsheet ¡
- Spreadsheet ¡data ¡entry ¡happens ¡off-‑line. ¡
- Drop-‑down ¡lists ¡available ¡for ¡defined ¡lists ¡
¡ Valida0on ¡ Valida0on ¡
- Itera0ve ¡process ¡
- Provides ¡user ¡with ¡feedback ¡for ¡improving ¡their ¡
data ¡ ¡ Upload ¡ Upload ¡
- Each ¡dataset ¡is ¡given ¡a ¡persistent ¡iden0fier ¡
- Stored ¡na0vely ¡as ¡RDF ¡triples ¡
- No ¡need ¡to ¡define ¡unique ¡schema ¡for ¡each ¡project ¡
Query ¡ Query ¡
- Each ¡project ¡defines ¡whether ¡it ¡is ¡public ¡or ¡not. ¡
- Query ¡capabili0es ¡via ¡web ¡interface ¡or ¡API ¡
¡
Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ ¡-‑-‑ ¡ ¡Biocode,LLC ¡
4 ¡
SLIDE 5
Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ Biocode,LLC ¡ 5 ¡
Generate ¡Template ¡
SLIDE 6
Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ Biocode,LLC ¡ 6 ¡
Enter ¡Data ¡(Data ¡Fields ¡Tab) ¡
SLIDE 7
Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ Biocode,LLC ¡ 7 ¡
Enter ¡Data ¡(Lists ¡Tab) ¡
SLIDE 8
Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ Biocode,LLC ¡ 8 ¡
Enter ¡Data ¡(Samples ¡Tab) ¡
SLIDE 9
Validate ¡Data ¡(Response ¡w/ ¡Errors) ¡
Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ Biocode,LLC ¡ 9 ¡
SLIDE 10
Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ Biocode,LLC ¡ 10 ¡
¡User ¡Fixes ¡Data ¡
jd2 ¡
SLIDE 11
Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ Biocode,LLC ¡ 11 ¡
Validate ¡Data ¡Take ¡2 ¡ ¡ (Proceed ¡with ¡Warnings) ¡
SLIDE 12
Finish ¡Valida0on ¡and ¡Publish ¡to ¡ Archive ¡
Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ Biocode,LLC ¡ 12 ¡
SLIDE 13
Data ¡stored ¡as ¡RDF: ¡ Queryable ¡in ¡triple-‑store; ¡offers ¡ seman0c ¡integra0on; ¡archivable; ¡ portable ¡to ¡any ¡other ¡format ¡
Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ Biocode,LLC ¡ 13 ¡
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GUID ¡Assignment ¡ Na0ve ¡DwC ¡Term ¡ ¡ Reference ¡
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Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ Biocode,LLC ¡ 14 ¡
Data ¡Query ¡and ¡Visualiza0on ¡
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Thank ¡You ¡
Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ Biocode,LLC ¡ 15 ¡
Acknowledgements: ¡ Moorea ¡Biocode ¡Project, ¡Gordon ¡and ¡Bely ¡Moore ¡Founda0on ¡ BiSciCol, ¡Na0onal ¡Science ¡Founda0on ¡(DBI-‑0956426) ¡ Berkeley ¡Natural ¡History ¡Museums, ¡UC ¡Berkeley ¡ Smithsonian ¡Ins0tu0on ¡ ¡ Con1nued ¡Development ¡and ¡Support: ¡ Biocode, ¡LLC, ¡building ¡sonware ¡in ¡support ¡of ¡sample-‑based ¡data ¡
- collec0on. ¡ ¡Contact ¡jdeck88@gmail.com ¡for ¡more ¡informa0on ¡