Sta$s$cs Sta$s$cs Fourth Dimension of a Sta$s$cal - PowerPoint PPT Presentation

Sta$s$cs ¡ Sta$s$cs ¡ Fourth ¡Dimension ¡of ¡a ¡“Sta$s$cal” ¡Programmer ¡ Fourth ¡Dimension ¡of ¡a ¡“Sta$s$cal” ¡ ¡ Programmer ¡ ¡ ¡ ¡ Gauri ¡Khatu, ¡Cytel ¡ Gauri ¡Khatu, ¡Cytel ¡ Vibhavari ¡Inamdar, ¡Cytel ¡ Vibhavari ¡Inamdar, ¡Cytel ¡ ¡ ¡ ¡ Session ¡IS05 ¡-­‑ ¡PhUSE ¡2013 ¡

Disclaimer ¡ This ¡presenta$on ¡is ¡based ¡on ¡first-­‑hand ¡experience ¡of ¡the ¡presenters, ¡their ¡ opinions ¡and ¡learnings. ¡ ¡ ¡ ¡ However ¡this ¡is ¡not ¡to ¡be ¡construed ¡as ¡an ¡official ¡statement ¡endorsed ¡by ¡Cytel ¡ ¡ 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 2 ¡

Three ¡Dimensions ¡ Programming ¡Ap$tude ¡ Domain ¡ Knowledge ¡ Communica$on ¡ Skills ¡ 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 3 ¡

Three ¡Dimensions ¡ Are ¡these ¡Sufficient? ¡ 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 4 ¡

Fourth ¡Dimension… ¡ STATISTICS ¡ 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013-­‑ ¡IS05 ¡ 5 ¡

Case ¡Studies ¡ • Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡ • Survival ¡Analysis ¡Graph ¡ 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 6 ¡

Flow ¡of ¡the ¡Case ¡Study ¡ Background ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡ 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 7 ¡

Table 1.1.2 Proportion of Subjects who are relapse free by Study ¡ Safety Population: Subjects Randomized to Placebo in Study123 and to Dose A in Study 123 (EXT) ¡ Study 123 Study 123 (EXT) Case ¡Study ¡1 ¡ (N=xx) (N=xx) Characteristic Statistics Relapse-Free Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡ ¡ Subjects Yes xx xx No xx xx Total xx xx Exact 97.5 % CI for proportion of Relapse-free subjects (x.xx,x.xx) (x.xx,x.xx) 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 8 ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡ ¡ Back-­‑ ¡ • ¡Therapeu$c ¡Area ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡ Neurology ¡ ¡ ground ¡ • ¡Disease ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡ Mul$ple ¡Sclerosis ¡ ¡ Problem ¡ • ¡Phase ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡ III ¡ ¡ • Study ¡Design ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡ Randomized, ¡Placebo-­‑controlled, ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡Extension ¡of ¡Study ¡123 ¡ Reason ¡ ¡ • ¡Study ¡Name ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡ Study ¡123 ¡(EXT) ¡ ¡ • ¡Efficacy ¡Endpoint ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡ Relapse ¡Free ¡Status ¡ Discussion ¡ ¡ • ¡Task ¡Assigned ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡ To ¡calculate ¡propor$on ¡of ¡relapse ¡free ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡subjects ¡for ¡study ¡123 ¡and ¡study123(EXT) ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡by ¡using ¡binomial ¡distribu$on. ¡ Solu$ons ¡ 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 9 ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡ ¡ Back-­‑ ¡ Table 1.1.2 ground ¡ Proportion of Subjects who are relapse free by Study Safety Population: Subjects Randomized to Placebo in Study123 and to Dose A in Study 123 (EXT) Problem ¡ Study 123 Study 123 (EXT) (N=xx) (N=xx) Characteristic Statistics Relapse-Free Subjects Yes xx xx No xx xx Reason ¡ Total xx xx Exact 97.5 % CI for proportion of Relapse-free subjects (x.xx,x.xx) (x.xx,x.xx) Discussion ¡ Solu$ons ¡ 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 10 ¡

Chat ¡between ¡Programmer ¡& ¡Validator ¡ ¡ Programmer ¡ : ¡Hey! ¡The ¡ ¡ Validator : ¡Oh ¡great ¡! ¡ ¡ table ¡is ¡ready ¡for ¡valida$on. ¡ I ¡will ¡validate ¡and ¡send ¡ It ¡was ¡very ¡simple. ¡ ¡ ¡you ¡the ¡findings. ¡ Just ¡the ¡counts ¡and ¡CIs. ¡ 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 11 ¡

Chat ¡between ¡Programmer ¡& ¡Validator ¡ ¡ Programmer ¡ :Yeah! ¡But ¡I ¡ Validator : ¡ ¡ don’t ¡think ¡there ¡should ¡be ¡ Ok. ¡That's ¡good! ¡ any ¡valida$on ¡findings ¡. ¡It ¡ was ¡a ¡very ¡trivial ¡job! ¡ 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 12 ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡ ¡ Back-­‑ ¡ Valida$on ¡Finding: ¡ Issue ¡# ¡ Table ¡ Issue ¡Category ¡ Descrip$on ¡of ¡Issue ¡ Date ¡& ¡ Status ¡ ground ¡ name ¡ ini$al ¡ Value ¡not ¡ Counts ¡match. ¡ 7/10/2013 ¡ 1 ¡ Table ¡1.1.2 ¡ Open ¡ matching ¡ ¡But ¡CI’s ¡don’t ¡match ¡ VI ¡ Problem ¡ Programmer’s ¡Table: ¡ Study 123 Study 123 (EXT) (N=235) (N=235) Characteristic Statistics Reason ¡ Exact 97.5 % CI Relapse-Free for proportion of (0.4829,0.6137) (0.0665,0.1481) Subjects Relapse-free subjects Validator’s ¡Table: ¡ Discussion ¡ Study 123 Study 123 (EXT) (N=235) (N=235) Characteristic Statistics Exact 97.5 % CI Relapse-Free for proportion of (0.3775,0.5262) (0.8450,0.9376) Subjects Relapse-free Solu$ons ¡ subjects 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 13 ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡ ¡ Back-­‑ ¡ ground ¡ ¡ ¡ 1. ¡Levels ¡incorrectly ¡assigned. ¡ Problem ¡ ¡ ¡ ¡ ¡-­‑Number ¡and ¡order ¡of ¡the ¡levels ¡ ¡ 2. ¡CI’s ¡wrongly ¡calculated. ¡ Reason ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡-­‑Required ¡CI ¡: ¡97.5 ¡% ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡-­‑Derived ¡CI ¡ ¡ ¡: ¡95% ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡ 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 14 ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡ ¡ ¡ Back-­‑ ¡ 1. Levels ¡incorrectly ¡assigned ¡. ¡ 3 ¡Levels ¡ ground ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ a. ¡Number ¡of ¡levels ¡: ¡ Yes ¡ • ¡No ¡ • Data: ¡ ¡Missing ¡ Problem ¡ • SUBJID ¡ STUDY ¡ RELFR ¡ ¡ 101 ¡ 1 ¡ Yes ¡ Reason ¡ 101 ¡ 2 ¡ Yes ¡ 103 ¡ 1 ¡ No ¡ 103 ¡ 2 ¡ Yes ¡ Discussion ¡ 105 ¡ 1 ¡ . ¡ 105 ¡ 2 ¡ . ¡ 106 ¡ 1 ¡ No ¡ 106 ¡ 2 ¡ . ¡ Solu$ons ¡ 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 15 ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡ ¡ ¡ 1. Levels ¡incorrectly ¡assigned ¡. ¡ Back-­‑ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ a. ¡Number ¡of ¡levels ¡: ¡ ground ¡ Table 1.1.2 Problem ¡ Proportion of Subjects who are relapse free by Study Safety Population: Subject Randomized to Placebo in Study123 and to Dose A in Study 123 (EXT) Study 123 Study 123 (EXT) (N=235) (N=235) Characteristic Statistics Reason ¡ Relapse-Free Subjects Yes 106 211 No 129 24 Total 235 235 Discussion ¡ Exact 97.5 % CI for proportion of Relapse-free subjects (0.4829,0.6137) (0.0665,0.1481) Solu$ons ¡ 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 16 ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡ ¡ ¡ 1. Levels ¡incorrectly ¡assigned ¡ ¡ ¡ Back-­‑ ¡ ¡ a. ¡Number ¡of ¡levels ¡: ¡ ground ¡ Problem ¡ Table 1.1.2 Proportion of Subjects who are relapse free by Study Safety Population: Subject Randomized to Placebo in Study123 and to Dose A in Test ¡: ¡Fisher’s ¡Exact ¡ Study 123 (EXT) Study 123 Study 123 (EXT) Reason ¡ (N=235) (N=235) Characteristic Statistics Binomial ¡ Relapse-Free Subjects Yes 106 211 No 129 24 ¡What ¡ Total 235 235 ¡ ¡ ¡ ¡ ¡is ¡ ¡ Discussion ¡ Exact 97.5 % CI for Exact? ¡ proportion of Relapse-free subjects (0.4829,0.6137) (0.0665,0.1481) Solu$ons ¡ 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 17 ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡ ¡ ¡ Back-­‑ ¡ 1. Levels ¡incorrectly ¡assigned ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ground ¡ ¡ a. ¡Number ¡of ¡levels ¡: ¡ ¡ ¡ Data ¡: ¡ Problem ¡ SUBJID ¡ STUDY ¡ RELFR ¡ ¡ 101 ¡ 1 ¡ Yes ¡ 101 ¡ 2 ¡ Yes ¡ 103 ¡ 1 ¡ No ¡ Reason ¡ 103 ¡ 2 ¡ Yes ¡ 105 ¡ 1 ¡ . ¡ Remove ¡ ¡ 105 ¡ 2 ¡ . ¡ Discussion ¡ Missing ¡ 106 ¡ 1 ¡ No ¡ 106 ¡ 2 ¡ . ¡ Solu$ons ¡ 15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 18 ¡