Sta$s$cs Sta$s$cs Fourth Dimension of a Sta$s$cal - - PowerPoint PPT Presentation

Sta$s$cs ¡ Fourth ¡Dimension ¡of ¡a ¡“Sta$s$cal” ¡ Programmer ¡ ¡ ¡

Gauri ¡Khatu, ¡Cytel ¡ Vibhavari ¡Inamdar, ¡Cytel ¡ ¡

Sta$s$cs ¡

Fourth ¡Dimension ¡of ¡a ¡“Sta$s$cal” ¡Programmer ¡

¡ ¡

Gauri ¡Khatu, ¡Cytel ¡ Vibhavari ¡Inamdar, ¡Cytel ¡

¡ ¡ Session ¡IS05 ¡-­‑ ¡PhUSE ¡2013 ¡

15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 2 ¡

Disclaimer ¡

This ¡presenta$on ¡is ¡based ¡on ¡first-­‑hand ¡experience ¡of ¡the ¡presenters, ¡their ¡

• pinions ¡and ¡learnings. ¡

¡ ¡ ¡ However ¡this ¡is ¡not ¡to ¡be ¡construed ¡as ¡an ¡official ¡statement ¡endorsed ¡by ¡Cytel ¡ ¡

15OCT2013 ¡ 3 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Three ¡Dimensions ¡

Programming ¡Ap$tude ¡ Communica$on ¡Skills ¡ Domain ¡Knowledge ¡

15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 4 ¡

Three ¡Dimensions ¡

Are ¡these ¡Sufficient? ¡

15OCT2013 ¡ 5 ¡

Fourth ¡Dimension… ¡

PhUSE ¡2013-­‑ ¡IS05 ¡

STATISTICS ¡

Case ¡Studies ¡

• Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡
• Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

15OCT2013 ¡ 6 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Flow ¡of ¡the ¡Case ¡Study ¡

Background ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

15OCT2013 ¡ 7 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Table 1.1.2 Proportion of Subjects who are relapse free by Study Safety Population: Subjects Randomized to Placebo in Study123 and to Dose A in Study 123 (EXT) Characteristic Statistics Study 123 (N=xx) Study 123 (EXT) (N=xx) Relapse-Free Subjects Yes xx xx No xx xx Total xx xx Exact 97.5 % CI for proportion of Relapse-free subjects (x.xx,x.xx) (x.xx,x.xx)

¡

¡

Case ¡Study ¡1 ¡ Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡ ¡

15OCT2013 ¡ 8 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡

¡

• ¡Therapeu$c ¡Area ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡Neurology ¡

¡

• ¡Disease ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡Mul$ple ¡Sclerosis ¡

¡

• ¡Phase ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡III ¡

¡

• Study ¡Design ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡Randomized, ¡Placebo-­‑controlled, ¡ ¡

¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡Extension ¡of ¡Study ¡123 ¡ ¡

• ¡Study ¡Name ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡Study ¡123 ¡(EXT) ¡

¡

• ¡Efficacy ¡Endpoint ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡Relapse ¡Free ¡Status ¡

¡

• ¡Task ¡Assigned ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡To ¡calculate ¡propor$on ¡of ¡relapse ¡free ¡

¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡subjects ¡for ¡study ¡123 ¡and ¡study123(EXT) ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡by ¡using ¡binomial ¡distribu$on. ¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

15OCT2013 ¡ 9 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Table 1.1.2 Proportion of Subjects who are relapse free by Study Safety Population: Subjects Randomized to Placebo in Study123 and to Dose A in Study 123 (EXT) Characteristic Statistics Study 123 (N=xx) Study 123 (EXT) (N=xx) Relapse-Free Subjects Yes xx xx No xx xx Total xx xx Exact 97.5 % CI for proportion of Relapse-free subjects (x.xx,x.xx) (x.xx,x.xx)

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡

¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

15OCT2013 ¡ 10 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 11 ¡

Programmer ¡: ¡Hey! ¡The ¡ ¡ table ¡is ¡ready ¡for ¡valida$on. ¡ It ¡was ¡very ¡simple. ¡ ¡ Just ¡the ¡counts ¡and ¡CIs. ¡ Validator: ¡Oh ¡great ¡! ¡ ¡ I ¡will ¡validate ¡and ¡send ¡ ¡you ¡the ¡findings. ¡

Chat ¡between ¡Programmer ¡& ¡Validator ¡ ¡

15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 12 ¡

Programmer ¡:Yeah! ¡But ¡I ¡ don’t ¡think ¡there ¡should ¡be ¡ any ¡valida$on ¡findings ¡. ¡It ¡ was ¡a ¡very ¡trivial ¡job! ¡ Validator: ¡ ¡

• Ok. ¡That's ¡good! ¡

Chat ¡between ¡Programmer ¡& ¡Validator ¡ ¡

Valida$on ¡Finding: ¡

Issue ¡# ¡ Table ¡ name ¡ Issue ¡Category ¡ Descrip$on ¡of ¡Issue ¡ Date ¡& ¡ ini$al ¡ Status ¡ 1 ¡ Table ¡1.1.2 ¡ Value ¡not ¡ matching ¡ Counts ¡match. ¡ ¡But ¡CI’s ¡don’t ¡match ¡ 7/10/2013 ¡ VI ¡ Open ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡

¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

15OCT2013 ¡ 13 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Characteristic Statistics Study 123 (N=235) Study 123 (EXT) (N=235) Relapse-Free Subjects Exact 97.5 % CI for proportion of Relapse-free subjects (0.4829,0.6137) (0.0665,0.1481) Characteristic Statistics Study 123 (N=235) Study 123 (EXT) (N=235) Relapse-Free Subjects Exact 97.5 % CI for proportion of Relapse-free subjects (0.3775,0.5262) (0.8450,0.9376)

Programmer’s ¡Table: ¡ Validator’s ¡Table: ¡

¡ ¡

• 1. ¡Levels ¡incorrectly ¡assigned. ¡

¡ ¡ ¡ ¡-­‑Number ¡and ¡order ¡of ¡the ¡levels ¡ ¡

• 2. ¡CI’s ¡wrongly ¡calculated. ¡

¡ ¡ ¡ ¡ ¡-­‑Required ¡CI ¡: ¡97.5 ¡% ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡-­‑Derived ¡CI ¡ ¡ ¡: ¡95% ¡

¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡

¡ Back-­‑ ¡

ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

15OCT2013 ¡ 14 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

¡

• 1. Levels ¡incorrectly ¡assigned ¡. ¡

¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡

¡

Data: ¡ Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

15OCT2013 ¡ 15 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

SUBJID ¡ STUDY ¡ RELFR ¡ ¡ 101 ¡ 1 ¡ Yes ¡ 101 ¡ 2 ¡ Yes ¡ 103 ¡ 1 ¡ No ¡ 103 ¡ 2 ¡ Yes ¡ 105 ¡ 1 ¡ . ¡ 105 ¡ 2 ¡ . ¡ 106 ¡ 1 ¡ No ¡ 106 ¡ 2 ¡ . ¡ ¡a. ¡Number ¡of ¡levels ¡: ¡

3 ¡Levels ¡

• Yes ¡
• ¡No ¡
• ¡Missing ¡

¡

• 1. Levels ¡incorrectly ¡assigned ¡. ¡

¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡

¡

Table 1.1.2 Proportion of Subjects who are relapse free by Study Safety Population: Subject Randomized to Placebo in Study123 and to Dose A in Study 123 (EXT) Characteristic Statistics Study 123 (N=235) Study 123 (EXT) (N=235) Relapse-Free Subjects Yes 106 211 No 129 24 Total 235 235 Exact 97.5 % CI for proportion of Relapse-free subjects (0.4829,0.6137) (0.0665,0.1481)

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

15OCT2013 ¡ 16 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

¡a. ¡Number ¡of ¡levels ¡: ¡

¡

• 1. Levels ¡incorrectly ¡assigned ¡ ¡ ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡

¡

Table 1.1.2 Proportion of Subjects who are relapse free by Study Safety Population: Subject Randomized to Placebo in Study123 and to Dose A in Study 123 (EXT) Characteristic Statistics Study 123 (N=235) Study 123 (EXT) (N=235) Relapse-Free Subjects Yes 106 211 No 129 24 Total 235 235

Exact 97.5 % CI for

proportion of Relapse-free subjects (0.4829,0.6137) (0.0665,0.1481)

Test ¡: ¡Fisher’s ¡Exact ¡ Binomial ¡ Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

15OCT2013 ¡ 17 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

¡a. ¡Number ¡of ¡levels ¡: ¡

¡What ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡is ¡ ¡

Exact? ¡

¡

• 1. Levels ¡incorrectly ¡assigned ¡ ¡

¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡

¡

¡ Data ¡: ¡ Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

15OCT2013 ¡ 18 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Remove ¡ ¡ Missing ¡

SUBJID ¡ STUDY ¡ RELFR ¡ ¡ 101 ¡ 1 ¡ Yes ¡ 101 ¡ 2 ¡ Yes ¡ 103 ¡ 1 ¡ No ¡ 103 ¡ 2 ¡ Yes ¡ 105 ¡ 1 ¡ . ¡ 105 ¡ 2 ¡ . ¡ 106 ¡ 1 ¡ No ¡ 106 ¡ 2 ¡ . ¡ ¡a. ¡Number ¡of ¡levels ¡: ¡

¡

¡

• 1. Levels ¡incorrectly ¡assigned ¡ ¡

¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡

¡

• ¡Required: ¡
• ¡SAS ¡Procedure ¡: ¡Proc ¡Freq ¡

NO ¡ YES ¡

Sequence ¡of ¡Variable: ¡RELFR ¡ Propor$on ¡calculated ¡for ¡ ¡ “NO” ¡ Propor$on ¡of ¡Relapse ¡Free ¡Subjects ¡ Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

15OCT2013 ¡ 19 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

¡b. ¡Order ¡of ¡levels ¡: ¡

• 1. Levels ¡incorrectly ¡assigned ¡: ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡

¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡

¡

Re-­‑define ¡the ¡Levels ¡ ¡if RELFR = ‘Yes’ then RELFRN = 1; ¡if RELFR = ‘No’ then RELFRN = 2; ¡ Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

15OCT2013 ¡ 20 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡

¡ Back-­‑ ¡

ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

15OCT2013 ¡ 21 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Recap ¡of ¡ ¡the ¡Reason: ¡

• 1. Levels ¡incorrectly ¡assigned. ¡

¡ ¡ ¡ ¡ ¡a. ¡Number ¡of ¡levels ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡b. ¡Order ¡of ¡levels ¡

¡

• 2. CI’s ¡wrongly ¡calculated. ¡

¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡Required ¡CI ¡: ¡97.5 ¡% ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡Derived ¡CI ¡ ¡ ¡: ¡95% ¡

¡

15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 22 ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡

¡

• 2. Confidence ¡Intervals ¡wrongly ¡calculated ¡: ¡

¡

• Default ¡CI ¡in ¡Proc ¡FREQ ¡is ¡95% ¡

¡

• Task: ¡To ¡Calculate ¡97.5% ¡

¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡ PROC FREQ DATA = ABC; TABLES RELFR/BINOMIAL ; RUN; ¡ ALPHA=0.025; ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡

¡

15OCT2013 ¡ 23 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Characteristic Statistics Study 123 (N=235) Study 123 (EXT) (N=235) Relapse-Free Subjects Exact 97.5 % CI for proportion of Relapse-free subjects (0.4829,0.6137) (0.0665,0.1481) Characteristic Statistics Study 123 (N=235) Study 123 (EXT) (N=235) Relapse-Free Subjects Exact 97.5 % CI for proportion of Relapse-free subjects (0.3775,0.5262) (0.8450,0.9376)

Incorrect ¡Output: ¡ Correct ¡Output: ¡ Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡

¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

15OCT2013 ¡ 24 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

¡

• 1. Restructuring ¡the ¡data. ¡
• 2. Handling ¡of ¡the ¡variable ¡of ¡interest ¡with ¡

respect ¡to ¡sta$s$cal ¡test. ¡

• 3. Change ¡in ¡alpha ¡value. ¡

Summary ¡of ¡Efficacy ¡Endpoint ¡

¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

15OCT2013 ¡ 25 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

¡

• 1. Restructuring ¡the ¡data. ¡
• 2. Handling ¡of ¡the ¡variable ¡of ¡interest ¡with ¡

respect ¡to ¡sta$s$cal ¡test. ¡

• 3. Change ¡in ¡alpha ¡value. ¡

Sta$s$cal ¡Background ¡Missing! ¡

15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 26 ¡

¡

¡

Case ¡Study ¡2 ¡ Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

¡

Therapeu$c ¡Area ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡Cardiology ¡ ¡ Phase ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡II ¡ ¡ Study ¡Design ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡Randomized, ¡Parallel ¡ ¡ Event ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡Death ¡due ¡to ¡Myocardial ¡Infarc$on ¡ ¡ Groups ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡Low ¡and ¡High ¡risk ¡groups ¡ ¡ Task ¡Assigned ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡: ¡To ¡plot ¡Kaplan ¡Meier ¡survival ¡curve ¡and ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡calculate ¡the ¡Hazard ¡ra$o ¡with ¡reference ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ to ¡the ¡High ¡risk ¡group ¡to ¡study ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡survival ¡in ¡the ¡two ¡popula$on ¡groups ¡

15OCT2013 ¡ 27 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Low ¡Risk ¡ High ¡Risk ¡

5 10 ¡ 15 ¡ 20 ¡ 25 ¡ 30 ¡ 35 ¡

Time ¡in ¡Months ¡

0.0 ¡ 0.1 ¡ 0.2 ¡ 0.3 ¡ 0.4 ¡ 0.5 ¡ 0.6 ¡ 0.7 ¡ 0.8 ¡ 0.9 ¡ 1.0 ¡

Survival ¡Probability ¡

HR ¡ ¡= ¡ ¡4.18 ¡ p-­‑value ¡ ¡<0.0001 ¡

Figure ¡1: ¡Kaplan ¡Meier ¡Survival ¡Graph ¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

15OCT2013 ¡ 28 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

¡

15OCT2013 ¡ 29 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ From: ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡Sta$s$cian ¡ To: ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡Programmer ¡ Cc: ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡Validator ¡ Subject: ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡Review ¡Comments: ¡ ¡Figure ¡1 ¡ ¡

15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 30 ¡

What ¡ went ¡ wrong? ¡

• ¡Incorrect ¡numbers ¡

presented ¡ ¡on ¡graph ¡

• ¡Mistake ¡not ¡caught ¡

during ¡valida$on ¡

Programmer ¡ Sta$s$cian ¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

• ¡Lack ¡of ¡awareness ¡about ¡the ¡Sta$s$cs ¡

behind ¡the ¡numbers ¡ Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

¡

15OCT2013 ¡ 31 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Low ¡Risk ¡ High ¡Risk ¡

5 10 ¡ 15 ¡ 20 ¡ 25 ¡ 30 ¡ 35 ¡

Time ¡in ¡Months ¡

0.0 ¡ 0.1 ¡ 0.2 ¡ 0.3 ¡ 0.4 ¡ 0.5 ¡ 0.6 ¡ 0.7 ¡ 0.8 ¡ 0.9 ¡ 1.0 ¡

Survival ¡Probability ¡

HR ¡ ¡= ¡ ¡4.18 ¡ p-­‑value ¡ ¡<0.0001 ¡

Kaplan ¡Meier ¡Survival ¡Graph ¡ Death ¡ Censored ¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

¡

15OCT2013 ¡ 32 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Low ¡Risk ¡ High ¡Risk ¡

5 10 ¡ 15 ¡ 20 ¡ 25 ¡ 30 ¡ 35 ¡

Time ¡in ¡Months ¡

0.0 ¡ 0.1 ¡ 0.2 ¡ 0.3 ¡ 0.4 ¡ 0.5 ¡ 0.6 ¡ 0.7 ¡ 0.8 ¡ 0.9 ¡ 1.0 ¡

Survival ¡Probability ¡

HR ¡ ¡= ¡ ¡4.18 ¡ p-­‑value ¡ ¡<0.0001 ¡

Kaplan ¡Meier ¡Survival ¡Graph ¡

RAT E ¡ Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

¡

15OCT2013 ¡ 33 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

1 ¡Month ¡ 6 ¡Months ¡

Low ¡Risk ¡ High ¡Risk ¡

5 10 ¡ 15 ¡ 20 ¡ 25 ¡ 30 ¡ 35 ¡

Time ¡in ¡Months ¡

0.0 ¡ 0.1 ¡ 0.2 ¡ 0.3 ¡ 0.4 ¡ 0.5 ¡ 0.6 ¡ 0.7 ¡ 0.8 ¡ 0.9 ¡ 1.0 ¡

Survival ¡Probability ¡

HR ¡ ¡= ¡ ¡4.18 ¡ p-­‑value ¡ ¡<0.0001 ¡

Kaplan ¡Meier ¡Survival ¡Graph ¡

Chances ¡of ¡ Survival ¡in ¡High ¡ Risk ¡group ¡

Chances ¡of ¡ Survival ¡

Chances ¡of ¡ Survival ¡in ¡Low ¡ Risk ¡group ¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

15OCT2013 ¡ 34 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡ Hazard ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡Rate ¡at ¡which ¡event ¡occurs ¡ Risk ¡ ¡& ¡ Time ¡

Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

¡

15OCT2013 ¡ 35 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

¡

15OCT2013 ¡ 36 ¡

Hazard ¡Ra$o ¡ ¡ Hazard ¡in ¡Group ¡1 ¡

= ¡

Hazard ¡in ¡ Reference ¡Group ¡

PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Survival ¡ ¡ Hazard ¡ Survival ¡ ¡ Hazard ¡ Low ¡Risk ¡Group ¡ High ¡Risk ¡Group ¡ Task: ¡Hazard ¡ra$o ¡with ¡reference ¡to ¡the ¡High ¡risk ¡ group ¡to ¡study ¡survival ¡in ¡the ¡two ¡groups ¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

Low ¡Risk ¡ High ¡Risk ¡

5 10 ¡ 15 ¡ 20 ¡ 25 ¡ 30 ¡ 35 ¡

Time ¡in ¡Months ¡

0.0 ¡ 0.1 ¡ 0.2 ¡ 0.3 ¡ 0.4 ¡ 0.5 ¡ 0.6 ¡ 0.7 ¡ 0.8 ¡ 0.9 ¡ 1.0 ¡

Survival ¡Probability ¡

HR ¡ ¡= ¡ ¡4.18 ¡ p-­‑value ¡ ¡<0.0001 ¡

Figure ¡1: ¡Kaplan ¡Meier ¡Survival ¡Graph ¡

Why? ¡

Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

¡

15OCT2013 ¡ 37 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡ PROC PHREG DATA = ABC; MODEL VAR_TIME * VAR_FLAG (0) = GROUP; RUN;

Censoring ¡ Value ¡

Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

¡

15OCT2013 ¡ 38 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

• 1. ¡Censoring ¡value ¡

MODEL VAR_TIME * VAR_CENS (0) = GROUP; RUN;

¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡ CLASS GROUP (REF = ‘HIGH’);

Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

¡

15OCT2013 ¡ 39 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

• 2. ¡Order ¡of ¡the ¡Grouping ¡variable ¡

PROC PHREG DATA = ABC; ¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

¡

15OCT2013 ¡ 40 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

• ¡Appropriate ¡value ¡in ¡the ¡sta$s$cal ¡procedure ¡
• ¡Defini$on ¡of ¡the ¡reference ¡group ¡ ¡

Low ¡Risk ¡ High ¡Risk ¡

5 10 ¡ 15 ¡ 20 ¡ 25 ¡ 30 ¡ 35 ¡

Time ¡in ¡Months ¡

0.0 ¡ 0.1 ¡ 0.2 ¡ 0.3 ¡ 0.4 ¡ 0.5 ¡ 0.6 ¡ 0.7 ¡ 0.8 ¡ 0.9 ¡ 1.0 ¡

Survival ¡Probability ¡

HR ¡ ¡= ¡ ¡0.24 ¡ p-­‑value ¡ ¡<0.0001 ¡

Figure ¡1: ¡Kaplan ¡Meier ¡Survival ¡Graph ¡

Back-­‑ ¡ ground ¡ Problem ¡ Reason ¡ Discussion ¡ Solu$ons ¡

Survival ¡Analysis ¡Graph ¡

15OCT2013 ¡ 41 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Points ¡to ¡Remember ¡

Consult ¡study ¡sta$s$cian ¡

15OCT2013 ¡ 42 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Understand ¡the ¡sta$s$cal ¡ background, ¡inves$gate, ¡research ¡ and ¡learn ¡

Recap ¡

Efficacy ¡Analysis ¡

• ¡Restructuring ¡the ¡data. ¡
• ¡Handling ¡of ¡the ¡variable ¡of ¡interest ¡with ¡respect ¡to ¡the ¡ ¡

¡ ¡sta$s$cal ¡test. ¡

• ¡Change ¡in ¡alpha ¡value. ¡

Survival ¡Analysis ¡graph ¡

• ¡Interpreta$on ¡of ¡Kaplan ¡Meier ¡plots ¡and ¡Hazard ¡Ra$o ¡
• ¡Appropriate ¡method ¡to ¡compute ¡the ¡Hazard ¡ra$o ¡
• ¡Inter-­‑rela$on ¡between ¡Survival ¡plot ¡and ¡HR ¡

15OCT2013 ¡ 43 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 44 ¡

Three ¡Dimensions ¡

Are ¡these ¡Sufficient? ¡

15OCT2013 ¡ 45 ¡

STATISTICS ¡AS ¡THE ¡“FOURTH” ¡ DIMENSION ¡IS ¡NECESSARY!!! ¡

PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

Basic ¡sta$s$cal ¡knowledge ¡ ¡ ü ¡A ¡compe$$ve ¡edge ¡over ¡a ¡pure ¡SAS ¡programmer ¡ ü Take ¡decisions ¡while ¡programming ¡ ¡ ¡ ¡ ü Jus$ce ¡to ¡the ¡role ¡

Conclusion ¡

15OCT2013 ¡ 46 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

15OCT2013 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡ 47 ¡

Online ¡Help ¡

• sta$s$cs.com ¡
• Probability ¡& ¡Sta$s$cs ¡| ¡Open ¡Learning ¡Ini$a$ve ¡
• ¡Sta$s$cs ¡Tutorial ¡
• www.sta$s$cs-­‑help-­‑online.com/node53.html ¡
• INTRODUCTORY ¡STATISTICS ¡-­‑ ¡FREE ¡Online ¡Course ¡
• www.micquality.com/introductory_sta$s$cs ¡
• www.math.leidenuniv.nl/statscience ¡ ¡

¡

15OCT2013 ¡ 48 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡

THANK ¡YOU ¡

Email Address Gauri Khatu gauri.khatu@cytel.com Vibhavari Inamdar vibhavari.inamdar@cytel.com

15OCT2013 ¡ 49 ¡ PhUSE ¡2013 ¡: ¡IS05 ¡