Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT) Since 1998 (15 - - PowerPoint PPT Presentation

Jacques ¡van ¡Helden

• Since ¡1998 ¡(15 ¡years ¡!) ¡
• Ini:ated ¡in ¡Cuernavaca, ¡Mexico ¡
• yeast ¡cis-­‑regulatory ¡elements ¡

¡

Regulatory ¡Sequence ¡Analysis ¡Tools ¡(RSAT) ¡

• Conception, implementation, evaluation

and application of bioinformatics methods for the analysis of genomes

• Regulatory sequences

– Motif analysis algorithms (Olivier Sand , Matthieu Defrance , Maud Vidick, Alejandra Medina-Rivera) – Evolution of cis-acting elements in Bacteria (Rekin’s Janky, Alejandra Medina-Rivera) – Regulation of development in Drosophila (Jean Valéry Turatsinze, Elodie Darbo) – Hox regulation in Vertebrates (Morgane Thomas-Chollier) 2

B!GRe

Bioinformatique des Génomes et Réseaux

Jean Valéry Turatsinze

PhD student

Rekin’s Janky Morgane Thomas-Chollier Olivier Sand Matthieu Defrance Jacques van Helden Sylvain Brohée Didier Croes Elodie Darbo Alejandra Medina

RSAT ¡improvements ¡over ¡the ¡years ¡

RSAT ¡improvements ¡over ¡the ¡years ¡

Thomas-­‑Chollier, ¡Darbo, ¡Herrmann, ¡Defrance ¡, ¡Thieffry, ¡van ¡Helden ¡Nature ¡Protocols, ¡2012 ¡ Thomas-­‑Chollier, ¡Defrance, ¡Medina-­‑Rivera, ¡Sand, ¡Herrmann, ¡Thieffry, ¡van ¡Helden ¡Nucleic ¡Acids ¡Research, ¡2012 ¡ ¡ Medina-­‑Rivera, ¡Abreu-­‑Goodger, ¡Thomas-­‑Chollier, ¡Salgado, ¡Collado-­‑Vides, ¡van ¡Helden ¡Nucleic ¡Acids ¡Research, ¡2011 ¡ Sand, ¡Thomas-­‑Chollier, ¡van ¡Helden ¡Bioinforma6cs, ¡2009 ¡ Thomas-­‑Chollier*, ¡Sand*, ¡Turatsinze, ¡Janky, ¡Defrance, ¡Vervisch, ¡van ¡Helden ¡ ¡Nucleic ¡Acids ¡Research, ¡2008 ¡ Sand, ¡Thomas-­‑Chollier, ¡Vervisch, ¡van ¡Helden ¡ ¡Nature ¡Protocols, ¡2008 ¡ Thomas-­‑Chollier*, ¡Turatsinze*, ¡Defrance, ¡van ¡Helden ¡Nature ¡Protocols, ¡2008 ¡ van ¡Helden, ¡Nucleic ¡Acids ¡Research, ¡2003 ¡ van ¡Helden, ¡André, ¡Collado-­‑Vides ¡Yeast, ¡2000 ¡

www.rsat.eu Mirror at ENS

• User-friendly interface

– http://rsat.ulb.ac.be/rsat/ – Manuals – Demos

• Automated utilization

– Stand-alone tools – Web services

• 2747 supported organisms (June 2011)

– 1998 Archaea – 150 Archaea – 104 Fungi – All EnsEMBL genomes

(via Ensembl API)

– ...

• Tasks

– Sequence retrieval – Pattern discovery – Pattern matching – Feature-map drawing

• Applications

– ChIP-seq peaks – Co-expression clusters – Phylogenetic footprints – ...

• Thomas-Chollier, M., Sand, O., Turatsinze, J. V., Janky, R., Defrance, M., Vervisch, E., Brohee, S. and van Helden, J. (2008). RSAT: regulatory

sequence analysis tools. Nucleic Acids Res 36, W119-27.

• Thomas-Chollier, M., Defrance, M., Medina-Rivera, A., Sand, O., Herrmann, C., Thieffry, D. and van Helden, J. (2011). RSAT 2011: Regulatory

Sequence Analysis Tools. Nucleic Acids Res Web software issue 2011, in press.

RSAT ¡overview ¡

Accessing ¡RSAT ¡

User-­‑friendly ¡access: ¡

• Web ¡pages ¡ ¡

⇒ descrip?on ¡of ¡the ¡tools ¡in ¡ ¡ Thomas-­‑Chollier, ¡Sand ¡et ¡al. ¡RSAT: ¡regulatory ¡sequence ¡analysis ¡tools. ¡Nucleic ¡Acids ¡ Research ¡(2008) ¡vol. ¡36 ¡Web ¡Server ¡Issue ¡ ¡ Thomas-­‑Chollier ¡et ¡al. ¡RSAT ¡2011: ¡Regulatory ¡Sequence ¡Analysis ¡Tools. ¡Nucleic ¡Acids ¡ Research ¡(2011) ¡ ¡Web ¡Server ¡Issue ¡

¡ ¡

For ¡large-­‑scale ¡analyses: ¡

¡

• Web ¡services ¡SOAP ¡(programma?c ¡access ¡to ¡a ¡RSAT ¡server ¡through ¡

internet) ¡

• Command-­‑line ¡in ¡a ¡terminal ¡(RSAT ¡is ¡installed ¡on ¡your ¡computer) ¡

¡ ¡ ¡

Map ¡of ¡the ¡tools ¡

Common ¡RSAT ¡procedure ¡

• 1. ¡Get ¡sequences ¡
• 2. ¡Run ¡the ¡analysis ¡
• 3. ¡Visualiza:on ¡

Using ¡RSAT ¡

hPp://rsat.ulb.ac.be/rsat/ ¡ Expandable ¡menus ¡

• 2. ¡Run ¡the ¡analysis ¡
• 3. ¡Visualiza:on ¡

Help: ¡tutorials, ¡forum ¡ Informa:on: ¡publica:ons,… ¡

RSAT ¡Web ¡forms ¡

Tool ¡name ¡ Tool ¡descrip:on ¡ Tool ¡parameters ¡ Output ¡ Go ¡buWon ¡(launches ¡the ¡analysis) ¡ Demo ¡buWon ¡(fill ¡in ¡the ¡form ¡for ¡test ¡ purposes) ¡

Help ¡

Accessing ¡RSAT ¡