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Fourth generation of AMC Gateway: is this the last one? - PowerPoint PPT Presentation

Fourth generation of AMC Gateway: is this the last one? Slvia Delgado Olabarriaga Dept of Epidemiology, Biostatistics and Bioinformatics Academic


  1. Fourth ¡generation ¡of ¡AMC ¡Gateway: ¡ ¡ is ¡this ¡the ¡last ¡one? ¡ Sílvia ¡Delgado ¡Olabarriaga ¡ ¡ ¡ Dept ¡of ¡Epidemiology, ¡Biostatistics ¡and ¡Bioinformatics ¡ Academic ¡Medical ¡Center ¡of ¡the ¡University ¡of ¡Amsterdam ¡ ¡

  2. Shayan Shahand, Matthan Caan, Mark Santcroos, Antoine van Kampen (and many others) 2 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

  3. Science ¡Gateways… ¡for ¡whom? ¡ • Biomedical ¡researchers ¡ ¡ • Medical ¡imaging ¡ • Bioinformatics ¡ • IT ¡“naïve” ¡ • Programmers ¡ • Admins ¡ 3 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

  4. Science ¡Gateways… ¡for ¡what? ¡ • Data ¡analysis ¡ • Medical ¡Imaging ¡ • Neuroimaging ¡ • Next ¡Generation ¡Sequencing ¡ • Genome ¡comparison ¡ • Exome ¡sequencing ¡ • Metabolomics ¡ Default • Statistical ¡modelling ¡ • Protein ¡Docking ¡ ¡ • …? ¡ 4 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

  5. Looking ¡back ¡ • Since ¡2005 ¡ ¡ • Goal: ¡ – Bridge ¡gap ¡between ¡biomedical ¡researchers ¡and ¡e-­‑infrastructures ¡ • Various ¡attempts ¡ 5 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

  6. “Black ¡Windows” ¡days ¡ Executable = “ myJob.sh"; Arguments = “ image.nii.gz designFlile.fsf"; StdOutput = "std.out"; StdError = "std.err"; OutputSandbox = {"std.out" , "std.err “ , “ ourDir.tgz ” }; InputSandbox = { “ myJob.sh", “ image.nii.gz ” , “ designFlile.fsf ” }; Requirements = Member("nl.vl-e.poc-release-1.0", \ Courtesy: Tristan Glatard other.GlueHostApplicationSoftwareRunTimeEnvironment); 6 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

  7. “VBrowser” ¡days: ¡Data ¡ SARA AMC http://vlet.sourceforge.net 7 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

  8. VBrowser ¡days: ¡Workflows ¡ S.D. Olabarriaga, T. Glatard, P.T. de Boer (2010) A Virtual Laboratory for Medical Image Analysis, IEEE Transactions on Information Technology In Biomedicine (TITB), July 2010 8 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

  9. Trying ¡Web ¡interfaces ¡– ¡v1 ¡ 9 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

  10. Trying ¡Web ¡interfaces ¡– ¡v2 ¡ • From ¡pucowo ¡ 10 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

  11. Web ¡application: ¡ ¡Gateway ¡ Shahand S, Santcroos M, van Kampen AHC, Olabarriaga SD. (2012) A Grid-enabled Gateway for Biomedical Data Analysis. Journal of Grid Computing, Dec 2012 11 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

  12. Under ¡the ¡hood.. ¡ ���������� ������� ������������ ������������ ���������� ��������� �������� ����� �� ���� ��������� ���� ������� ������ ������� ����� ��������� ����� ������� ������������� �������� ��������������������� �������� ��������� ������ �������� �������������� ����������� ����������� ������������ ��������������� ��������� ����������� �� �������� ������� ������� ������� ������� �������� �������� �������� ��������� ��������� �������� ������������� ��������� ��������� ����������� ��������� ������ ����������� ������� ����� ���������� ������ ����������������� ����������� ������� �������� ����������� �������� �������������������� ������� ������������ ������� ����� ������ 12 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

  13. Challenges ¡ • Varied ¡user ¡profiles ¡ • Scalability ¡(users, ¡data, ¡infrastructure) ¡ • Interoperability ¡ • Sustainability ¡ • Data, ¡data, ¡data ¡ 13 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

  14. ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡SCI-­‑BUS ¡Project ¡ https://www.sci-bus.eu PireGrid ¡Commercial ¡ Amsterdam ¡Medical ¡ Center ¡Community ¡ SoKware ¡build ¡and ¡ Blender ¡Rendering ¡ Swiss ¡Proteomics ¡ German ¡MosGrid ¡ Business ¡Process ¡ test ¡ ¡Community ¡ Helio ¡physics ¡ Astrophysics ¡ CiHzen ¡Web ¡ Community ¡ Community ¡ Community ¡ Community ¡ Community ¡ Community ¡ Community ¡ Community ¡ Community ¡ Seismology ¡ StaHsHcal ¡ WebService ¡/ ¡API ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ Liferay ¡and ¡WS-­‑PGrade ¡ API ¡ API ¡ API ¡ API ¡ API ¡ ¡ ¡ ¡ CloudBroker ¡ Eucalyptus ¡ gLite ¡ ARC ¡ UNICORE ¡ Pla-orm ¡ ¡ OpenNebula ¡ Middleware ¡ Middleware ¡ Middleware ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ Desktop ¡ Clouds ¡ Clusters ¡ Grids ¡ Hadoop ¡ Grids ¡ e-­‑infrastructures ¡ 14 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

  15. AMC ¡Gateway: ¡4 th ¡generation ¡ Come talk at the SCI-BUS Booth! 15 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

  16. New ¡AMC ¡Gateway ¡ COMMIT/ • Different ¡front-­‑ends ¡ – Workflow ¡developers ¡ – Neuroscience ¡ – Next ¡generation ¡sequencing ¡(exome ¡sequencing) ¡ – .. ¡ • Same ¡back-­‑end ¡ – Data ¡ – Metadata ¡ – Processing ¡ – Provenance ¡ 16 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

  17. Under ¡the ¡hood… ¡ �������������������������� ��������� ��� ������������������������ ���������� ������������ ���������� ������� ������� ������ ������ ������������������ ����������� ����������������������� ����� ��������� ������������ ������ ������ ����� ���������� �������� ����������� �� �������� ���������� �� ����������� ���������� �������� ���������� ����� ���� ������� ������� ���������������������� ��� ��� ��� �������� �������� ������������ �������� �������� ������������ ������ �������� ����� ����������� ����������� ����������� ����������� ����������� ����� ������������ �������� �������� �������� �������� �� �������� ����� ������� ������ �������� ����� ��������� ��������� ��������� ��������� ��������� 17 Olabarriaga, EGI Community Forum, 2013

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