Exhaus've Parameter Space Searches in Cryo-Electron - - PowerPoint PPT Presentation

Exhaus've ¡Parameter ¡Space ¡Searches ¡ ¡ in ¡Cryo-­‑Electron ¡Microscopy ¡using ¡GPU ¡ ¡

Oleg ¡Kuybeda, ¡PhD ¡

Open ¡and ¡Closed ¡state ¡of ¡HIV ¡spike ¡– ¡24 ¡Å ¡tomography ¡

XZ ¡slice ¡ YZ ¡slice ¡ XY ¡slice ¡

25 . ≈ =

n s

SNR σ σ

A ¡typical ¡tomography ¡subvolume ¡

Nuclear ¡Norm ¡ ¡ allows ¡one-­‑verus-­‑many ¡comparison ¡

¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡-­‑ ¡singular ¡values ¡of ¡A ¡

• Incremental ¡SVD ¡update/downdate ¡

– is ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡as ¡compared ¡to ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡of ¡SVD ¡ – can ¡be ¡efficiently ¡implemented ¡in ¡GPU ¡

( )

A A

∑

=

=

n i i 1 *

λ

( )

A

i

λ

Ab

[ ]⋅ Ab [ ]

T = A⋅AT + b⋅bT

( )

2

n O

( )

3

n O

Near-­‑Atomic ¡Single ¡Par'cle ¡Reconstruc'on ¡ ¡ E-­‑coli ¡beta-­‑galactosidase ¡-­‑ ¡3.2 ¡Å ¡ ¡

Thank ¡you! ¡