exhaus ve parameter space searches in cryo electron
play

Exhaus've Parameter Space Searches in Cryo-Electron - PowerPoint PPT Presentation

Exhaus've Parameter Space Searches in Cryo-Electron Microscopy using GPU Oleg Kuybeda, PhD Open and Closed state of HIV spike 24


  1. Exhaus've ¡Parameter ¡Space ¡Searches ¡ ¡ in ¡Cryo-­‑Electron ¡Microscopy ¡using ¡GPU ¡ ¡ Oleg ¡Kuybeda, ¡PhD ¡

  2. Open ¡and ¡Closed ¡state ¡of ¡HIV ¡spike ¡– ¡24 ¡Å ¡tomography ¡ A ¡typical ¡tomography ¡subvolume ¡ XZ ¡slice ¡ YZ ¡slice ¡ XY ¡slice ¡ σ SNR s 0 . 25 = ≈ σ n

  3. Nuclear ¡Norm ¡ ¡ allows ¡one-­‑verus-­‑many ¡comparison ¡ n ( ) A A ¡ ∑ = λ i * i 1 = ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ( ) ¡ ¡-­‑ ¡singular ¡values ¡of ¡ A ¡ A λ i • Incremental ¡SVD ¡update/downdate ¡ T = A ⋅ A T + b ⋅ b T [ ] ⋅ Ab [ ] Ab – is ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡as ¡compared ¡to ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡of ¡SVD ¡ ( ) ( ) 3 O n 2 O n – can ¡be ¡efficiently ¡implemented ¡in ¡GPU ¡

  4. Near-­‑Atomic ¡Single ¡Par'cle ¡Reconstruc'on ¡ ¡ E-­‑coli ¡beta-­‑galactosidase ¡-­‑ ¡3.2 ¡Å ¡ ¡

  5. Thank ¡you! ¡

Download Presentation
Download Policy: The content available on the website is offered to you 'AS IS' for your personal information and use only. It cannot be commercialized, licensed, or distributed on other websites without prior consent from the author. To download a presentation, simply click this link. If you encounter any difficulties during the download process, it's possible that the publisher has removed the file from their server.

Recommend


More recommend