Complex Data Modeling for Simpler Data Access TDWG 2014, - - PowerPoint PPT Presentation

Complex ¡Data ¡Modeling ¡for ¡ Simpler ¡Data ¡Access ¡

TDWG ¡2014, ¡Jönköping, ¡Sweden ¡ Ramona ¡Walls ¡ Robert ¡Guralnick ¡ ¡

A ¡Canonical ¡Example ¡of ¡“OpportunisHc ¡CollecHng” ¡typical ¡in ¡biocollecHons ¡

plot sub-plot transect (within plot) individual (within plot) individual (within sub-plot)

transect depth * * * * * *sample collection point water sample at depth X aliquot * metagenome

DwC ¡

Bag ¡of ¡ terms ¡

hMp://vegbank.org/vegbank/general/faq.html#datamodel ¡ ¡

hMp://vegbank.org/vegbank/general/faq.html#datamodel ¡ ¡

? ?

Madin ¡et ¡al. ¡2007 ¡Ecol. ¡InformaHcs ¡doi: ¡10.1016/j.ecoinf.2007.05.004 ¡

OBO-­‑E: ¡ O&M: ¡

Most ¡biology ¡requires ¡work ¡at ¡the ¡ intersecHon ¡of ¡disciplines ¡

MUSEUM ¡ ¡ COLLECTIONS ¡ ECOLOGY ¡ GENOMICS ¡

Material ¡enHHes, ¡informaHon ¡enHHes, ¡and ¡ processes ¡in ¡the ¡Basic ¡Formal ¡Ontology ¡

• bservaHons ¡versus ¡specimens ¡

Specimen ¡data ¡from ¡a ¡Darwin ¡Core ¡ Archive: ¡VertNet ¡

specimen ¡ collecHon ¡ ¡ process ¡ sampling ¡ ¡ process ¡ material ¡ ¡ sampling ¡ ¡ process ¡

sampling ¡process ¡logical ¡ definiBon: ¡ assay ¡and ¡(achieves_planned_ ¡

• bjecHve ¡some ¡‘biological ¡

feature ¡idenHficaHon ¡

• bjecHve’) ¡

¡ has_specified_input ¡some ¡ ‘sampling ¡feature’ ¡ has_specified_output ¡some ¡ ‘sample ¡data ¡item’ ¡ specimen ¡collecBon ¡process ¡ logical ¡definiBon: ¡ 'planned ¡process' ¡and ¡ (achieves_planned_objecHve ¡ some ¡'specimen ¡collecHon ¡

• bjecHve') ¡ ¡

¡ has_specified_input ¡some ¡ ‘material ¡enHty’ ¡ has_specified_output ¡some ¡ ‘specimen’ ¡ material ¡sampling ¡process ¡ logical ¡definiBon: ¡ 'planned ¡process' ¡and ¡ (achieves_planned_objecHve ¡ some ¡’material ¡sampling ¡

• bjecHve') ¡ ¡

¡ has_specified_input ¡some ¡ ‘material ¡sampling ¡feature’ ¡ has_specified_output ¡some ¡ ‘material ¡sample’ ¡

ROB ¡

BCO ¡Taxonomic ¡Inventory ¡Process ¡Class ¡and ¡Sub-­‑classes ¡of ¡different ¡kinds ¡of ¡processes ¡

Conclusions ¡

• BCO ¡splits ¡the ¡middle ¡ground ¡between ¡the ¡

high ¡level ¡OBO-­‑E ¡world ¡view ¡and ¡the ¡flat ¡way ¡

• f ¡represenHng ¡a ¡process ¡that ¡has ¡a ¡single ¡
• utput ¡to ¡allow ¡us ¡to ¡represent ¡all ¡kinds ¡of ¡

different ¡content. ¡

• BCO ¡can ¡serve ¡as ¡a ¡sandbox ¡to ¡test ¡out ¡new ¡

models ¡and ¡terms ¡for ¡describing ¡sampling ¡ processes ¡and ¡data, ¡to ¡inform ¡standards ¡like ¡

• DwC. ¡

Acknowledgments ¡

• Dozens ¡of ¡parHcipants ¡at ¡BCO ¡workshops ¡and ¡

hackathons ¡over ¡the ¡past ¡two ¡years ¡

• NSF-­‑EAGER: ¡An ¡Interoperable ¡InformaHon ¡

Infrastructure ¡for ¡Biodiversity ¡Research ¡(I3BR) ¡

• NSF: ¡Research ¡CoordinaHon ¡Network ¡for ¡GSC ¡

(RCN4GSC) ¡

• VertNet ¡and ¡University ¡of ¡Kansas ¡Biodiversity ¡

InsHtute ¡