Bio 9/13/12 Biobricks & Talking interface How - PowerPoint PPT Presentation

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Biobricks ¡ & ¡ Talking ¡interface ¡ How ¡can ¡we ¡do ¡ this? ¡ WET ¡LAB ¡ MODELLING ¡ Can ¡we ¡talk ¡with ¡ microorganisms? ¡ Lying ¡(muta1ons) ¡ can ¡occur! ¡ Movie ¡ Debates ¡ Our ¡dialogues ¡with ¡society ¡helped ¡us ¡dialogue ¡with ¡our ¡microorganisms ¡

Biobricks ¡ & ¡ Talking ¡interface ¡ How ¡can ¡we ¡do ¡ this? ¡ WET ¡LAB ¡ MODELLING ¡ Can ¡we ¡talk ¡with ¡ microorganisms? ¡ Lying ¡(muta1ons) ¡ can ¡occur! ¡ Movie ¡ Debates ¡

¡ ¡ ¡Talking ¡interface ¡

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Yeast ¡Construc6ons ¡ “ Are ¡you ¡finished ¡ea6ng ¡your ¡sugar ?” ¡ TRR ¡ ADH2 ¡ YAP1 ¡ ZsGreen1 ¡ YEplac181 ¡ YEp352 ¡ ¡

“ Are ¡you ¡finished ¡ea6ng ¡your ¡sugar ?” ¡ H 2 O 2 ¡ H 2 O 2 ¡ “ Are ¡you ¡finished ¡ H 2 O 2 ¡ GLU ¡ “Yes, ¡I’m ¡finished” ¡ ea6ng ¡your ¡sugar ?” ¡ 505nm ¡ 493nm ¡ yap1 ¡

“ Are ¡you ¡finished ¡ea6ng ¡your ¡sugar ?” ¡

“Express ¡your ¡gene!” ¡ RecA ¡promoter ¡ ZsGreen1 ¡ pUC57 ¡

“Express ¡your ¡gene!” ¡ UV ¡ “Yes, ¡the ¡ “ Express ¡your ¡gene” ¡ “ Have ¡you ¡synthesized ¡ concentra1on ¡of ¡ your ¡protein?” ¡ RNA ¡ the ¡protein ¡is…” ¡ polymerase ¡ 493nm ¡ 505nm ¡ SOS ¡box ¡promoter ¡ ZsGreen1 ¡ ZsGreen1 ¡ LexA ¡

“Express ¡your ¡gene!” ¡ Control ¡ 2 ¡sec ¡ 3 ¡pulses ¡

Lac ¡promoter ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ AmCyan1 ¡ “ Do ¡you ¡have ¡ ¡ enough ¡nitrogen?” ¡ pUC57 ¡ “ Can ¡you ¡ “ Can ¡you ¡ “ Can ¡you ¡ breathe?” ¡ breathe?” ¡ breathe?” ¡ “ Are ¡you ¡hot?” ¡

“ Are ¡you ¡hungry?” ¡ GLU ¡ RNA ¡ polymerase ¡ CAP ¡ LacI ¡ AmCyan1 ¡ REGULATOR ¡ Lac ¡promoter ¡ operator ¡ AmCyan1 ¡ IPTG ¡ “No, ¡I’m ¡not ¡hungry. ¡This ¡glucose ¡ “Yes, ¡please ¡feed ¡me” ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ media ¡is ¡as ¡sweet ¡as ¡you” ¡ 489nm ¡ 458nm ¡

GlnA ¡ ¡promoter ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ ZsYellow1 ¡ “ Do ¡you ¡have ¡ ¡ enough ¡nitrogen?” ¡ pUC57 ¡ “ Can ¡you ¡ “ Can ¡you ¡ “ Can ¡you ¡ breathe?” ¡ breathe?” ¡ breathe?” ¡ “ Are ¡you ¡hot?” ¡

NirB ¡promoter ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ ZsGreen1 ¡ “ Do ¡you ¡have ¡ ¡ enough ¡nitrogen?” ¡ pUC57 ¡ “ Can ¡you ¡ “ Can ¡you ¡ “ Can ¡you ¡ breathe?” ¡ breathe?” ¡ breathe?” ¡ “ Are ¡you ¡hot?” ¡

GroE ¡promoter ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ “ Are ¡you ¡hungry?” ¡ AsRed2 ¡ “ Do ¡you ¡have ¡ ¡ enough ¡nitrogen?” ¡ pUC57 ¡ “ Can ¡you ¡ “ Can ¡you ¡ “ Can ¡you ¡ breathe?” ¡ breathe?” ¡ breathe?” ¡ “ Are ¡you ¡hot?” ¡

General ¡mechanism ¡ INDUCER ¡ RNA ¡ polymerase ¡ REPORTER ¡ Promoter ¡ TF ¡ Reporter ¡Gene ¡ PROTEIN ¡ “ Do ¡you ¡have ¡enough ¡nitrogen?” ¡ “ Can ¡you ¡breathe?” ¡ Default ¡answer ¡ Induced ¡answer ¡ “Are ¡you ¡hot?” ¡

“ Are ¡you ¡hungry?” ¡

“ Do ¡you ¡have ¡ ¡enough ¡nitrogen?” ¡

“ Can ¡you ¡breathe?” ¡

“ Are ¡you ¡hot?” ¡

Biobricks ¡ & ¡ Talking ¡interface ¡ How ¡can ¡we ¡do ¡ this? ¡ WET ¡LAB ¡ MODELLING ¡ Can ¡we ¡talk ¡with ¡ microorganisms? ¡ Movie ¡ Debates ¡

Human ¡PracQces ¡

Biobricks ¡ & ¡ Talking ¡interface ¡ How ¡can ¡we ¡do ¡ WET ¡LAB ¡ this? ¡ Can ¡we ¡talk ¡with ¡ MODELLING ¡ microorganisms? ¡ Movie ¡ Debates ¡

“ Are ¡you ¡hungry?” ¡ “ Are ¡you ¡hot?” ¡ “ How ¡long ¡have ¡you ¡been ¡ fermen6ng?” ¡

Biobricks ¡ & ¡ Talking ¡interface ¡ How ¡can ¡we ¡do ¡ WET ¡LAB ¡ this? ¡ Can ¡we ¡talk ¡with ¡ MODELLING ¡ microorganisms? ¡ Lying ¡(muta1ons) ¡ can ¡occur! ¡ Movie ¡ Debates ¡

“ Are ¡you ¡hot?” ¡ HONEST ¡ CHEATERS ¡ HONEST ¡ CHEATERS ¡ PCR ¡ Restric1on ¡analysis ¡

“ Are ¡you ¡hot?” ¡ OpQcal ¡Density ¡ Honest ¡

“ Are ¡you ¡hot?” ¡ Honest ¡ 40 º ¡C ¡

Cheaters ¡ RelaQve ¡abundance ¡(%) ¡ Time ¡ Honest ¡bacteria ¡

Biobricks ¡ & ¡ Talking ¡interface ¡ How ¡can ¡we ¡do ¡ WET ¡LAB ¡ this? ¡ Can ¡we ¡talk ¡with ¡ MODELLING ¡ microorganisms? ¡ Lying ¡(muta1ons) ¡ can ¡occur! ¡ Movie ¡ Debates ¡

Voice ¡recogniQon ¡ ¡ so_ware ¡ Arduino ¡ Biobricks: ¡ BBa_K763000 ¡ BBa_K763001 ¡ BBa_K763002 ¡ BBa_K763003 ¡ BBa_K763004 ¡ Yeast ¡(BBa_K763005 ¡& ¡BBa_K763006) ¡

Our ¡dialogues ¡with ¡society ¡ helped ¡us ¡dialogue ¡with ¡our ¡ microorganisms ¡

09/13/12 ¡

All ¡the ¡described ¡work ¡has ¡personally ¡been ¡done ¡by ¡ us ¡(12 ¡students), ¡& ¡distributed ¡as ¡follows: ¡ -­‑ Mariano ¡Collantes : ¡Wiki, ¡Talk, ¡Human ¡Prac1ces ¡ -­‑ Maria ¡Marin : ¡Bacteria, ¡Talk, ¡Human ¡Prac1ces ¡ -­‑ Lucia ¡Gómez : ¡Yeast, ¡Wiki ¡ -­‑ Lucas ¡Morales : ¡Yeast, ¡Wiki ¡ -­‑ Guillermo ¡Zafrilla : ¡Bacteria, ¡Yeast ¡ -­‑ Luisa ¡Marenez : ¡Yeast, ¡Human ¡Prac1ces ¡ -­‑ Lamberto ¡Torralba : ¡Bacteria, ¡Human ¡Prac1ces ¡ -­‑ Alba ¡Iglesias : ¡Bacteria, ¡Cheater ¡characteriza1on ¡ -­‑ Tamara ¡Carrillo : ¡Wiki, ¡Modeling, ¡Voice ¡interface ¡ -­‑ Pedro ¡Dorado : ¡Bacteria, ¡Human ¡Prac1ces, ¡Cheater ¡characteriza1on ¡ -­‑ José ¡Joaquin ¡Alcaina : ¡Wiki, ¡modeling, ¡Fluorimeter ¡construc1on ¡ -­‑ José ¡Luis ¡Racero : ¡Wiki, ¡Modeling, ¡Fluorimeter ¡construc1on ¡ Instructors ¡& ¡Advisors: ¡ Talking ¡Life ¡(movie): ¡Script ¡made ¡by ¡the ¡students ¡of ¡ Bacteria : ¡Lab ¡work ¡supervised ¡by ¡Cris1na ¡Vilanova ¡& ¡ Human ¡Prac1ces ¡as ¡listed ¡above. ¡Professional ¡help ¡ Manuel ¡Porcar ¡ (Artefactando) ¡was ¡required ¡for ¡recording ¡& ¡edi1ng. ¡ Yeast : ¡Supervised ¡by ¡Marta ¡Tortajada ¡ Actor ¡Alfred ¡Picó ¡kindly ¡worked ¡at ¡no ¡cost ¡for ¡this ¡ Modelling ¡and ¡hardware : ¡Mainly ¡supervised ¡by ¡ project. ¡ Jesús ¡Picó ¡ Voice ¡interface : ¡Supervised ¡by ¡Miguel ¡Lozano ¡ Human ¡PracQces : ¡ ¡Supervised ¡by ¡Ana ¡Delgado ¡