Bio 9/13/12 Biobricks & Talking interface How - - PowerPoint PPT Presentation

Bio ¡

9/13/12 ¡

Lying ¡(muta1ons) ¡ can ¡occur! ¡ How ¡can ¡we ¡do ¡ this? ¡ WET ¡LAB ¡ Our ¡dialogues ¡with ¡society ¡helped ¡us ¡dialogue ¡with ¡our ¡microorganisms ¡ Movie ¡ Debates ¡ Biobricks ¡ & ¡ Talking ¡interface ¡ MODELLING ¡

Can ¡we ¡talk ¡with ¡ microorganisms? ¡

Lying ¡(muta1ons) ¡ can ¡occur! ¡ How ¡can ¡we ¡do ¡ this? ¡ WET ¡LAB ¡ Movie ¡ Debates ¡ Biobricks ¡ & ¡ Talking ¡interface ¡ MODELLING ¡

Can ¡we ¡talk ¡with ¡ microorganisms? ¡

¡ ¡ ¡Talking ¡interface ¡

9/13/12 ¡

09/13/12 ¡

“Are ¡you ¡finished ¡ea6ng ¡your ¡sugar?” ¡

Yeast ¡Construc6ons ¡

YAP1 ¡ ADH2 ¡ YEplac181 ¡ TRR ¡ ZsGreen1 ¡ YEp352 ¡ ¡

GLU ¡ H2O2 ¡ H2O2 ¡ H2O2 ¡

yap1 ¡

“Are ¡you ¡finished ¡ea6ng ¡your ¡sugar?” ¡

505nm ¡ “Are ¡you ¡finished ¡ ea6ng ¡your ¡sugar?” ¡ “Yes, ¡I’m ¡finished” ¡ 493nm ¡

“Are ¡you ¡finished ¡ea6ng ¡your ¡sugar?” ¡

RecA ¡promoter ¡

ZsGreen1 ¡

“Express ¡your ¡gene!” ¡

pUC57 ¡

ZsGreen1 ¡

ZsGreen1 ¡

SOS ¡box ¡promoter ¡

RNA ¡ polymerase ¡

UV ¡

“Express ¡your ¡gene!” ¡

493nm ¡ 505nm ¡

LexA ¡

“Express ¡your ¡gene” ¡ “Have ¡you ¡synthesized ¡ your ¡protein?” ¡ “Yes, ¡the ¡ concentra1on ¡of ¡ the ¡protein ¡is…” ¡

“Express ¡your ¡gene!” ¡

Control ¡ 2 ¡sec ¡ 3 ¡pulses ¡

AmCyan1 ¡

Lac ¡promoter ¡

“Are ¡you ¡hungry?” ¡ “Are ¡you ¡hot?” ¡ “Can ¡you ¡ breathe?” ¡ “Do ¡you ¡have ¡ ¡ enough ¡nitrogen?” ¡

pUC57 ¡

“Are ¡you ¡hungry?” ¡ “Can ¡you ¡ breathe?” ¡ “Are ¡you ¡hungry?” ¡ “Can ¡you ¡ breathe?” ¡ “Are ¡you ¡hungry?” ¡

GLU ¡

REGULATOR ¡

CAP ¡

Lac ¡promoter ¡

• perator ¡

LacI ¡ IPTG ¡

AmCyan1 ¡

RNA ¡ polymerase ¡

“Are ¡you ¡hungry?” ¡

AmCyan1 ¡

458nm ¡ 489nm ¡ “Are ¡you ¡hungry?” ¡ “Yes, ¡please ¡feed ¡me” ¡ “No, ¡I’m ¡not ¡hungry. ¡This ¡glucose ¡ media ¡is ¡as ¡sweet ¡as ¡you” ¡

GlnA ¡ ¡promoter ¡

pUC57 ¡ ZsYellow1 ¡

“Are ¡you ¡hungry?” ¡ “Are ¡you ¡hot?” ¡ “Can ¡you ¡ breathe?” ¡ “Do ¡you ¡have ¡ ¡ enough ¡nitrogen?” ¡ “Are ¡you ¡hungry?” ¡ “Can ¡you ¡ breathe?” ¡ “Are ¡you ¡hungry?” ¡ “Can ¡you ¡ breathe?” ¡ “Are ¡you ¡hungry?” ¡

NirB ¡promoter ¡

pUC57 ¡ ZsGreen1 ¡

“Are ¡you ¡hungry?” ¡ “Are ¡you ¡hot?” ¡ “Can ¡you ¡ breathe?” ¡ “Do ¡you ¡have ¡ ¡ enough ¡nitrogen?” ¡ “Are ¡you ¡hungry?” ¡ “Can ¡you ¡ breathe?” ¡ “Are ¡you ¡hungry?” ¡ “Can ¡you ¡ breathe?” ¡ “Are ¡you ¡hungry?” ¡

AsRed2 ¡ pUC57 ¡

GroE ¡promoter ¡

“Are ¡you ¡hungry?” ¡ “Are ¡you ¡hot?” ¡ “Can ¡you ¡ breathe?” ¡ “Do ¡you ¡have ¡ ¡ enough ¡nitrogen?” ¡ “Are ¡you ¡hungry?” ¡ “Can ¡you ¡ breathe?” ¡ “Are ¡you ¡hungry?” ¡ “Can ¡you ¡ breathe?” ¡ “Are ¡you ¡hungry?” ¡

Reporter ¡Gene ¡ REPORTER ¡ PROTEIN ¡ Promoter ¡ TF ¡

RNA ¡ polymerase ¡

INDUCER ¡

General ¡mechanism ¡

“Are ¡you ¡hot?” ¡ “Can ¡you ¡breathe?” ¡ “Do ¡you ¡have ¡enough ¡nitrogen?” ¡

Induced ¡answer ¡ Default ¡answer ¡

“Are ¡you ¡hungry?” ¡

“Do ¡you ¡have ¡ ¡enough ¡nitrogen?” ¡

“Can ¡you ¡breathe?” ¡

“Are ¡you ¡hot?” ¡

How ¡can ¡we ¡do ¡ this? ¡ WET ¡LAB ¡ Biobricks ¡ & ¡ Talking ¡interface ¡ MODELLING ¡

Can ¡we ¡talk ¡with ¡ microorganisms? ¡

Movie ¡ Debates ¡

Human ¡PracQces ¡

Can ¡we ¡talk ¡with ¡ microorganisms? ¡

How ¡can ¡we ¡do ¡ this? ¡ WET ¡LAB ¡ Movie ¡ Debates ¡ Biobricks ¡ & ¡ Talking ¡interface ¡ MODELLING ¡

“Are ¡you ¡hot?” ¡ “Are ¡you ¡hungry?” ¡ “How ¡long ¡have ¡you ¡been ¡ fermen6ng?” ¡

Debates ¡ Movie ¡

Can ¡we ¡talk ¡with ¡ microorganisms? ¡

MODELLING ¡ Lying ¡(muta1ons) ¡ can ¡occur! ¡ How ¡can ¡we ¡do ¡ this? ¡ Biobricks ¡ & ¡ Talking ¡interface ¡ WET ¡LAB ¡

“Are ¡you ¡hot?” ¡

HONEST ¡ CHEATERS ¡ HONEST ¡ CHEATERS ¡ Restric1on ¡analysis ¡ PCR ¡

“Are ¡you ¡hot?” ¡

OpQcal ¡Density ¡ Honest ¡

“Are ¡you ¡hot?” ¡

40º ¡C ¡

Honest ¡

Honest ¡bacteria ¡

Time ¡

Cheaters ¡

RelaQve ¡abundance ¡(%) ¡

Can ¡we ¡talk ¡with ¡ microorganisms? ¡

MODELLING ¡ Lying ¡(muta1ons) ¡ can ¡occur! ¡ How ¡can ¡we ¡do ¡ this? ¡ Biobricks ¡ & ¡ Talking ¡interface ¡ WET ¡LAB ¡ Debates ¡ Movie ¡

Biobricks: ¡ BBa_K763000 ¡ BBa_K763001 ¡ BBa_K763002 ¡ BBa_K763003 ¡ BBa_K763004 ¡ Yeast ¡(BBa_K763005 ¡& ¡BBa_K763006) ¡ Voice ¡recogniQon ¡ ¡ so_ware ¡ Arduino ¡

Our ¡dialogues ¡with ¡society ¡ helped ¡us ¡dialogue ¡with ¡our ¡ microorganisms ¡

09/13/12 ¡

All ¡the ¡described ¡work ¡has ¡personally ¡been ¡done ¡by ¡ us ¡(12 ¡students), ¡& ¡distributed ¡as ¡follows: ¡

• ­‑Mariano ¡Collantes: ¡Wiki, ¡Talk, ¡Human ¡Prac1ces ¡
• ­‑Maria ¡Marin: ¡Bacteria, ¡Talk, ¡Human ¡Prac1ces ¡
• ­‑Lucia ¡Gómez: ¡Yeast, ¡Wiki ¡
• ­‑Lucas ¡Morales: ¡Yeast, ¡Wiki ¡
• ­‑Guillermo ¡Zafrilla: ¡Bacteria, ¡Yeast ¡
• ­‑Luisa ¡Marenez: ¡Yeast, ¡Human ¡Prac1ces ¡
• ­‑Lamberto ¡Torralba: ¡Bacteria, ¡Human ¡Prac1ces ¡
• ­‑Alba ¡Iglesias: ¡Bacteria, ¡Cheater ¡characteriza1on ¡
• ­‑Tamara ¡Carrillo: ¡Wiki, ¡Modeling, ¡Voice ¡interface ¡
• ­‑Pedro ¡Dorado: ¡Bacteria, ¡Human ¡Prac1ces, ¡Cheater ¡characteriza1on ¡
• ­‑José ¡Joaquin ¡Alcaina: ¡Wiki, ¡modeling, ¡Fluorimeter ¡construc1on ¡
• ­‑José ¡Luis ¡Racero: ¡Wiki, ¡Modeling, ¡Fluorimeter ¡construc1on ¡

Instructors ¡& ¡Advisors: ¡ Bacteria: ¡Lab ¡work ¡supervised ¡by ¡Cris1na ¡Vilanova ¡& ¡ Manuel ¡Porcar ¡ Yeast: ¡Supervised ¡by ¡Marta ¡Tortajada ¡ Modelling ¡and ¡hardware: ¡Mainly ¡supervised ¡by ¡ Jesús ¡Picó ¡ Voice ¡interface: ¡Supervised ¡by ¡Miguel ¡Lozano ¡ Human ¡PracQces: ¡ ¡Supervised ¡by ¡Ana ¡Delgado ¡ Talking ¡Life ¡(movie): ¡Script ¡made ¡by ¡the ¡students ¡of ¡ Human ¡Prac1ces ¡as ¡listed ¡above. ¡Professional ¡help ¡ (Artefactando) ¡was ¡required ¡for ¡recording ¡& ¡edi1ng. ¡ Actor ¡Alfred ¡Picó ¡kindly ¡worked ¡at ¡no ¡cost ¡for ¡this ¡

• project. ¡