A d a p t i v e Mu l t i l e v e l S p l i t t i n g Me t h o d : I s o m e r i z a t i o n o f t h e a l a n i n e d i p e p t i d e L a u r a J . S . L o p e s A d v i s o r s : T o n y L e l i è v r e J é r ô m e H é n i n
h i g h b a r r i e r m e t a s t a b l e s t a t e s
T h e A MS a l g o r i t h m n u m b e r o f r e p l i c a s N = 5 m i n i m u m n u m b e r o f r e p l i c a s t o k i l l a t e a c h i t e r a t i o n k = 2 ξ r e a c t i o n c o o r d i n a t e z k i l l z m a x A a n d s o o n . . . B
T h e A MS a l g o r i t h m n u m b e r o f r e p l i c a s N = 5 m i n i m u m n u m b e r o f r e p l i c a s t o k i l l a t e a c h i t e r a t i o n k = 2 ξ r e a c t i o n c o o r d i n a t e z k i l l z m a x H o w m a n y r e p l i c a s p a s s e d z k i l l ? A B 3 N - k 0 p = N 5
T h e A MS a l g o r i t h m T h e e x p e c t e d v a l u e i s u n b i a s e d t o w a r d s t h e c h o i c e o f t h e a l g o r i t h m p a r a m e t e r !
H o w t o o b t a i n t h e t r a n s i t i o n t i m e ? z m i n A B
H o w t o o b t a i n t h e t r a n s i t i o n t i m e ? ? z m i n A B
H o w t o o b t a i n t h e t r a n s i t i o n t i m e ? T h e s e c r e t l i e s i n t h e i n i t i a l c o n d i t i o n s ! A MS p z m i n 1 - p A B
I s o m e r i z a t i o n o f t h e a l a n i n e d i p e p t i d e
I s o m e r i z a t i o n o f t h e a l a n i n e d i p e p t i d e A B
I s o m e r i z a t i o n o f t h e a l a n i n e d i p e p t i d e
H a n d s - o n ! T c l , b a s h a n d C p r o g r a m s m a k e y o u r l i f e e a s i e r !
T h e fj l e s t o p r o v i d e
T h e fj l e s t o p r o v i d e proc ams_measure { } proc zone { } proc variables { } C o l v a r s i s p r a c t i c a l !
T h e fj l e s t o p r o v i d e smart_parallel.sh
T h e t u t o r i a l
T h e t u t o r i a l P r o b a b i l i t y f r o m o n e p o i n t T r a n s i t i o n t i m e F l u x o f r e a c t i v e t r a j e c t o r i e s
T h a n k s t o C h r i s C h i p o t , T o n y L e l i è v r e a n d J é r ô m e H é n i n ! G o o d l u c k ! I ’ m h e r e t o a n s w e r y o u r q u e s t i o n s
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