Welcome to our Presentation! We are team AUC TURKEY, a group of 9 - - PowerPoint PPT Presentation

Welcome to our Presentation!

We are team AUC TURKEY, a group

• f 9 students from Ankara. We as

Ahmet Ulusoy College are proud to be here in iGEM and in front of you all!

Introduction Project Human Practices

Our ¡Project: ¡

• A ¡synthe0c ¡solu0on ¡to ¡the ¡cooling ¡problem ¡
• Breakdown ¡of ¡urea ¡for ¡cooling ¡
• Synthesis ¡of ¡urease ¡
• Efficient ¡and ¡organic ¡reac6on ¡
• RNA ¡Thermometer ¡as ¡control ¡mechanism ¡
• Preventa0on ¡of ¡cooldown ¡in ¡low ¡temperatures ¡
• Controlled ¡and ¡efficient ¡system ¡

Finding ¡an ¡issue: ¡ ¡ Cooling ¡ ¡ Finding ¡a ¡synthe6c ¡ solu6on: ¡ Urease ¡Enzyme ¡

Control ¡Mechanism: ¡ RNA ¡Thermometer ¡ ¡

• RNA ¡Thermometers ¡are ¡thermosensors ¡ ¡
• They ¡ regulate ¡ gene ¡ expression ¡ by ¡ temperature-­‑

induced ¡changes ¡

• They ¡take ¡part ¡in ¡heat ¡or ¡cold ¡shock ¡but ¡also ¡take ¡part ¡

in ¡other ¡roles ¡ They ¡ consist ¡ of ¡ a ¡ temperature-­‑sensi6ve ¡ secondary ¡ structure ¡which ¡contains ¡the ¡ribosome-­‑binding ¡site. ¡The ¡ ribosome-­‑binding ¡site ¡can ¡be ¡masked ¡or ¡unmasked ¡by ¡a ¡ simple ¡ temperature ¡ shiE, ¡ thereby ¡ repressing ¡ or ¡ inducing ¡transla0on. ¡

RNA Thermometers

Urease ¡ is ¡ a ¡ nickel-­‑containing ¡ enzyme ¡ that ¡ catalyses ¡ the ¡ hydrolysis ¡of ¡urea ¡into ¡ammonia ¡and ¡carbon ¡dioxide. ¡ Our ¡urease ¡originates ¡from ¡the ¡Sporosarcina ¡pasteurii. ¡As ¡all ¡ bacterial ¡ ureases, ¡ our ¡ part ¡ is ¡ also ¡ composed ¡ of ¡ three ¡ ¡ subunits ¡we ¡named ¡as ¡Urease ¡A, ¡B ¡and ¡C. ¡ ¡

Urease

Urea + H2O

Urease

C A B

Ammonia + CO2 Urease ¡

In ¡ our ¡ system, ¡ we ¡ aKached ¡ Urease ¡ at ¡ the ¡ end ¡ of ¡ the ¡ RNA ¡ Thermometer. ¡ This ¡ mechanism ¡prevents ¡urease ¡synthesis ¡in ¡low ¡temperatures ¡and ¡allows ¡temperature ¡ in ¡higher ¡temperatures. ¡This ¡way, ¡cooling ¡is ¡done ¡effec6vely ¡and ¡when ¡necessary. ¡

Urease

Ribosome binds to SD

Urease Production At Elevated Temperatures

Over 32 °C

Mechanism

Ribosome Urease

RNA Thermometer Shine- Dalgarno Sequence

No Translation At Low Temperatures

Under 32 °C

P A R T S

In ¡our ¡project, ¡we ¡used ¡a ¡total ¡of ¡3 ¡parts. ¡ ¡ 1 ¡of ¡them ¡is ¡the ¡backbone ¡of ¡our ¡main ¡system ¡and ¡the ¡last ¡2 ¡parts ¡were ¡used ¡as ¡

• control. ¡

ROSE ¡– ¡Urease ¡A, ¡B, ¡C ¡Composite ¡Part: ¡The ¡conversion ¡of ¡urea ¡ into ¡ammonia ¡and ¡CO2 ¡involves ¡3 ¡different ¡enzymes ¡which ¡are ¡ named ¡as ¡Urease ¡A, ¡B ¡and ¡C. ¡In ¡our ¡part, ¡there ¡is ¡an ¡insulator ¡ and ¡ an ¡ RBS ¡ in ¡ between ¡ every ¡ Urease ¡ subunit ¡ in ¡ order ¡ to ¡ relieve ¡the ¡bacteria ¡of ¡synthesis ¡even ¡in ¡low ¡temperatures. ¡ Urease ¡A ¡ Urease ¡B ¡ Urease ¡C ¡ Insulator ¡ RBS ¡ RBS ¡ Insulator ¡ Promoter ¡ ROSE ¡ Thermometer ¡

ROSE Thermometer RFP Promoter IbpB Thermometer RFP Promoter

For ¡us ¡to ¡show ¡that ¡our ¡Project ¡is ¡working, ¡we ¡ primarily ¡ are ¡ required ¡ to ¡ show ¡ that ¡ the ¡ RNA ¡ Thermometers ¡are ¡showing ¡the ¡necessary ¡RBS ¡

• property. ¡ Our ¡ studies ¡ and ¡ experiments ¡ were ¡

focused ¡on ¡proving ¡that ¡the ¡RNA ¡Thermometer ¡ works ¡and ¡for ¡that ¡we ¡tested ¡the ¡RFP ¡aKached ¡ RNA ¡Thermometer ¡parts. ¡So ¡let’s ¡take ¡a ¡look… ¡ ¡

Results ¡

We ¡started ¡off ¡by ¡transforma6ng ¡with ¡

• ur ¡IbpB ¡– ¡RFP ¡and ¡ROSE ¡– ¡RFP ¡parts ¡to ¡
• ur ¡TOP10 ¡E. ¡coli. ¡The ¡plate ¡of ¡IbpB ¡– ¡RFP ¡

had ¡red ¡colonies ¡but ¡plate ¡of ¡ROSE ¡– ¡RFP ¡ had ¡only ¡white ¡colonies. ¡ The ¡electrophoresis ¡results ¡showed ¡that ¡both ¡

• f ¡our ¡parts ¡are ¡the ¡right ¡base ¡length. ¡

According ¡to ¡the ¡results, ¡the ¡cloning ¡was ¡

• successful. ¡ ¡

Step ¡1: ¡Cloning ¡

Before ¡experimen6ng ¡in ¡different ¡temperatures, ¡we ¡were ¡required ¡to ¡check ¡if ¡the ¡RNA ¡ Thermometers ¡ showed ¡ RBS ¡ func6onality. ¡ In ¡ this ¡ measurement, ¡ we ¡ cul6vated ¡ our ¡ IbpB-­‑RFP ¡and ¡ROSE-­‑RFP ¡parts ¡plus ¡RFP ¡part ¡in ¡37 ¡C ¡for ¡conforma6on. ¡ ¡ We ¡centrifuged ¡the ¡cultures ¡at ¡14,000 ¡rpm ¡and ¡acquired ¡the ¡result ¡as ¡you ¡can ¡see ¡

• below. ¡ ¡

In ¡this, ¡the ¡IbpB ¡and ¡RFP ¡came ¡out ¡as ¡red ¡however ¡the ¡ROSE ¡part ¡didn’t ¡turn ¡out ¡red. ¡ ¡

Step ¡2: ¡Liquid ¡Culture ¡Examina0on ¡

For ¡us ¡to ¡find ¡out ¡if ¡there ¡is ¡RFP ¡produced, ¡we ¡prepared ¡several ¡liquid ¡culture ¡

• specimen. ¡ ¡

To ¡examine ¡if ¡the ¡RNA ¡Thermometer ¡works ¡in ¡different ¡temperature ¡condi6ons, ¡ we ¡ini6ally ¡used ¡2 ¡different ¡temperatures ¡to ¡cul6vate ¡our ¡bacteria. ¡We ¡selected ¡ the ¡temperatures ¡as ¡42 ¡and ¡25 ¡C. ¡ Using ¡the ¡spectrophotometer, ¡we ¡brought ¡our ¡bacteria ¡to ¡0.3 ¡OD. ¡ Then ¡we ¡seperated ¡our ¡E. ¡coli ¡into ¡two ¡samples. ¡The ¡first ¡sample ¡was ¡incubated ¡ in ¡42 ¡C ¡for ¡24 ¡hours ¡and ¡the ¡second ¡was ¡incubated ¡in ¡25 ¡C ¡for ¡36 ¡hours. ¡ AEerwards ¡we ¡examined ¡the ¡pellets. ¡

Step ¡3: ¡Examina0on ¡in ¡Variable ¡Temperatures ¡

Step ¡4: ¡Cultures ¡Under ¡Microplate ¡ Fluorescense ¡Spectrophotometer ¡

We ¡transferred ¡the ¡cultures ¡to ¡96-­‑well ¡plate. ¡We ¡did ¡a ¡measurement ¡with ¡ ¡ Biorad ¡and ¡the ¡result ¡was ¡the ¡same ¡as ¡our ¡expecta6ons ¡and ¡wishes. ¡We ¡used ¡ 8 ¡different ¡samples ¡with ¡1 ¡of ¡IbpB ¡and ¡1 ¡of ¡RFP ¡in ¡4 ¡different ¡temperatures. ¡ All ¡these ¡steps ¡lead ¡to ¡the ¡following ¡ideas: ¡ ¡

• IbpB ¡shows ¡RBS ¡property. ¡ ¡
• IbpB ¡also ¡shows ¡thermosensing ¡capability ¡and ¡works ¡as ¡an ¡RNA ¡Thermometer. ¡
• The ¡IbpB ¡Thermometer ¡is ¡a ¡weaker ¡RBS ¡than ¡B0034. ¡ ¡

17 ¡ºC ¡ 27 ¡ºC ¡ 37 ¡ºC ¡ 42 ¡ºC ¡

The ¡fluorescent ¡microscope ¡was ¡elected ¡to ¡measure ¡the ¡RFP ¡concentra6on. ¡ ¡ Through ¡ taking ¡ advantage ¡ of ¡ the ¡ fact ¡ that ¡ there ¡ is ¡ extra ¡ glowing ¡ in ¡ RFP ¡ containing ¡ bacteria, ¡ we ¡ calculated ¡ the ¡ difference ¡ in ¡ red ¡ light ¡ exposure ¡ and ¡ analyzed ¡the ¡concentra6on ¡through ¡the ¡use ¡of ¡computer ¡programs. ¡ ¡ RFP ¡42 ¡C ¡% ¡40.39 ¡ RFP ¡25 ¡C ¡% ¡34.67 ¡ IbpB ¡42 ¡C ¡% ¡35.22 ¡ IbpB ¡25 ¡C ¡% ¡16.71 ¡

Step ¡5: ¡Fluorescent ¡Microscope ¡

Let’s ¡look ¡at ¡our ¡

Introducing ¡People ¡iGEM ¡

This ¡year, ¡we ¡did ¡many ¡ac6vi6es ¡in ¡order ¡to ¡introduce ¡people ¡iGEM. ¡ We ¡visited ¡several ¡organiza6ons ¡and ¡ins6tu6ons. ¡ Ankara ¡Büyükşehir ¡Belediyesi ¡ (Ankara ¡Municipality) ¡

Yüzüncü ¡Yıl ¡Hospital ¡ Turkish ¡Olympiads ¡ Bank ¡Asya ¡

Introducing ¡People ¡iGEM ¡

Dreamline ¡ E-­‑Biko ¡ Atlan0k ¡Awards ¡Ceremony ¡

TUBITAK ¡Girişimcilik ¡ve ¡Yenilikçilik ¡Yarışması ¡ ¡

(The ¡Scien5fic ¡and ¡Technological ¡Research ¡Council ¡of ¡ Turkey ¡Entrepreneurship ¡and ¡Innova5on ¡Compe55on) ¡

Surveys ¡

We ¡contucted ¡our ¡survey ¡on ¡a ¡total ¡of ¡407 ¡people. ¡These ¡surveys ¡were ¡conducted ¡on ¡the ¡ par6cipants ¡of ¡E-­‑Biko ¡IT ¡Olympiad ¡and ¡also ¡the ¡students ¡of ¡our ¡school. ¡During ¡E-­‑Biko, ¡124 ¡ survey ¡forms ¡were ¡filled ¡and ¡283 ¡were ¡taken ¡from ¡our ¡school. ¡ In ¡ our ¡ survey, ¡ the ¡ main ¡ topics ¡ were ¡ gene6c ¡ engineering, ¡ synthe6c ¡ biology, ¡ iGEM ¡ and ¡ scien6fic ¡studies. ¡There ¡were ¡a ¡total ¡of ¡10 ¡ques6ons. ¡

This ¡ year, ¡ we ¡ conducted ¡ a ¡ series ¡ of ¡ collabora6ve ¡acts ¡with ¡the ¡NGSS_AEI_Turkey ¡

• team. ¡

1)We ¡arranged ¡a ¡several ¡mee0ngs ¡with ¡the ¡ NGSS ¡team ¡to ¡discuss ¡the ¡progress ¡that ¡has ¡ been ¡made ¡in ¡terms ¡of ¡the ¡Project. ¡ 2)We ¡shared ¡lab ¡and ¡gene0c ¡material. ¡ 3)We ¡ also ¡ helped ¡ out ¡ each ¡ other ¡ through ¡ switching ¡experiments. ¡ 4)We ¡helped ¡out ¡in ¡the ¡wiki ¡programming. ¡

Collabora0on ¡

This ¡year, ¡we ¡prepared ¡a ¡new ¡flash ¡game. ¡The ¡game’s ¡story ¡is ¡based ¡

• n ¡our ¡comic ¡book ¡of ¡the ¡year, ¡G-­‑Men. ¡Run ¡as ¡BactoCooler, ¡to ¡cool ¡

the ¡world ¡and ¡,most ¡importantly, ¡get ¡the ¡high ¡score. ¡

Flash ¡Game ¡

Legend ¡of ¡iGEM ¡ Charter ¡of ¡iGEMism ¡ G-­‑Men ¡ Posters ¡ iGEMism ¡TV ¡ iGEMism ¡Embassies ¡

Legend ¡of ¡iGEM ¡

Each ¡ideology ¡has ¡a ¡story ¡ ¡behind ¡it. ¡ ¡You ¡can ¡read ¡the ¡Legend ¡of ¡iGEM ¡ to ¡learn ¡how ¡iGEMism ¡appeared ¡in ¡the ¡history ¡scene. ¡

Charter ¡of ¡iGEMism ¡

Only ¡with ¡a ¡strong ¡background ¡can ¡a ¡movement ¡stand ¡out. ¡The ¡charter ¡ is ¡an ¡indicator ¡of ¡how ¡an ¡iGEMist ¡should ¡act ¡and ¡react. ¡We ¡prepared ¡a ¡ manifest ¡for ¡the ¡people ¡to ¡read ¡and, ¡if ¡possible, ¡follow. ¡

Posters ¡

iGEMism ¡is ¡growing ¡very ¡fast ¡and ¡strongly ¡with ¡also ¡it's ¡ wide ¡array ¡of ¡posters ¡for ¡people ¡to ¡behold. ¡

G-­‑Men ¡

What ¡forms ¡a ¡movement ¡is ¡the ¡social ¡background ¡in ¡it. ¡Each ¡ideology ¡has ¡many ¡ sub-­‑branches ¡and ¡popular ¡culture ¡is ¡one ¡of ¡them. ¡G-­‑Men ¡is ¡the ¡first ¡iGEMism ¡ based ¡comic ¡book. ¡

iGEMism ¡TV ¡

Stay ¡tuned ¡to ¡iGEMismTV's ¡very ¡special ¡series. ¡You ¡would ¡not ¡want ¡to ¡ miss ¡out ¡on ¡the ¡videos ¡of ¡the ¡iGEMist ¡movement. ¡

iGEMism ¡Embassies ¡

As ¡iGEMism ¡grows, ¡it's ¡borders ¡con6nue ¡to ¡expand. ¡Each ¡passing ¡day, ¡ more ¡and ¡more ¡people ¡join ¡the ¡iGEMist ¡community. ¡In ¡really ¡short ¡ 6me, ¡iGEMist ¡community ¡has ¡reached ¡18 ¡countries ¡worldwide. ¡You ¡ too ¡can ¡become ¡an ¡iGEMist ¡today! ¡