V a l i d a t i o n o f a c o n t e x t a n a l y s i s me t h o d f o r mi c r o R N A d a t a S t e f a n o R o v e t t a C o m p u t e r a n d I n f o r m a t i o n S c i e n c e s D e p a r t m e n t , U n i v e r s i t y o f G e n o a , I t a l y F r a n c e s c o M a s u l l i C o m p u t e r a n d I n f o r m a t i o n S c i e n c e s D e p a r t m e n t , U n i v e r s i t y o f G e n o a , I t a l y a n d S b a r r o I n s t i t u t e f o r C a n c e r R e s e a r c h a n d M o l e c u l a r M e d i c i n e , T e m p l e u n i v e r s i t y , P h i l a d e l p h i a , U S A G i u s e p p e R u s s o S b a r r o I n s t i t u t e f o r C a n c e r R e s e a r c h a n d M o l e c u l a r M e d i c i n e , T e m p l e u n i v e r s i t y , P h i l a d e l p h i a , U S A
K n o w l e d g e a b o u t O u t l i n e m i R N A s i s s t i l l i n c o m p l e t e , a n d p r e d i c t i o n i s m a i n l y c o m p u t a t i o n a l . M i c r o R N A t a r g e t p r e d i c t i o n a n d v a l i d a t i o n A c o n t e x t a n a l y s i s T h e v a l u e o f c o n t e x t i n m i c r o R N A d a t a a n a l y s i s m e t h o d w a s d e v i s e d t o T h e d a t a : A R o s e t t a s t o n e i n f e r p o s s i b l e m i s s i n g T i n f o r m a t i o n . h e m e t h o d : G o a l s a n d p r o c e d u r e s E x p e r i m e n t a l v a l i d a t i o n E x p e r i m e n t a l C o n c l u s i o n s ( c o m p u t a t i o n a l ) v a l i d a t i o n w a s p e r f o r m e d t o t e s t t h e m e t h o d . T h e g o a l i s b o t h t o f o c u s l a b t e s t i n g o n t h e m o s t l i k e l y m i R N A - g e n e i n t e r a c t i o n s , a n d t o s u g g e s t n e w p o s s i b l e i n t e r a c t i o n s t o e x p l o r e .
Mi c r o R N A s ( m i R N A ) S h o r t , n o n - c o d i n g R N A s e q u e n c e s ( 2 2 - 2 3 n t ) R e g u l a t e g e n e e x p r e s s i o n b y i n h i b i t i n g t r a n s c r i p t i o n T a r g e t g e n e s a r e s p e c i f i c ( b u t m a n y - t o - m a n y r e l a t i o n s h i p ) C e n t r a l r o l e i n c o n t r o l l i n g p h y s i o l o g i c a l a n d p a t h o l o g i c a l p r o c e s s e s E x a m p l e s : H u n d r e d s o f m i R N A s i n t h e b r a i n , s e v e r a l t i s s u e - s p e c i f i c ; N e u r o g e n e s i s ; S e v e r a l t y p e s o f c a n c e r
mi R N A t a r g e t p r e d i c t i o n G e n e s a r e s e l e c t i v e l y t a r g e t e d a c c o r d i n g t o s e v e r a l m a t c h / m i s m a t c h c r i t e r i a P r e d i c t i o n i s m o s t l y a c o m p u t a t i o n a l t a s k M a n y p r e d i c t i o n m e t h o d s / p r o g r a m s / w e b r e p o s i t o r i e s L a b v a l i d a t i o n n e c e s s a r y , b u t i n d i r e c t T a r g e t S c a n ; R N A h y b r i d ; P i c T a r ; m i R a n d a ; m i R W a l k . . . P r e d i c t i o n p r o g r a m s o f t e n d o n o t a g r e e O f t e n d e s i g n e d w i t h d i f f e r e n t s e l e c t i v i t y / s p e c i f i c i t y t r a d e o f f s
C o n t e x t i n mi R N A d a t a a n a l y s i s O b s e r v a t i o n : t h e r e a r e m o r e g e n e s t h a n m i R N A s ( e s t . 1 0 0 0 ) O b s e r v a t i o n : m a n y g e n e s a r e t a r g e t t o m o r e t h a n o n e m i R N A O b s e r v a t i o n : m a n y m i R N A s t a r g e t m o r e t h a n o n e g e n e
C o n t e x t i n mi R N A d a t a a n a l y s i s H y p o t h e s i s : m i R N A s m a y w o r k i n t e a m s a n d a c t o n w h o l e p a t h w a y s o r p a t h w a y s e g m e n t s E v i d e n c e o f c o n d i t i o n - s p e c i f i c s i g n a t u r e s i n m i R N A p r o f i l e s D i r e c t e x p e r i m e n t a l e v i d e n c e ( e . g . Z h a n g Y e t a l . " P r o f i l i n g o f 9 5 m i c r o R N A s i n p a n c r e a t i c c a n c e r c e l l l i n e s a n d s u r g i c a l s p e c i m e n s b y r e a l - t i m e P C R a n a l y s i s " W o r l d J S u r g . 2 0 0 9 A p r ; 3 3 ( 4 ) : 6 9 8 - 7 0 9 ) C o m p u t a t i o n a l m e t h o d s b a s e d o n t h i s h y p o t h e s i s ( a s i m p l e o n e i n A l b e r t i n i M C e t a l . " P r e d i c t i n g m i c r o R N A m o d u l a t i o n i n h u m a n p r o s t a t e c a n c e r u s i n g a s i m p l e S t r i n g I D e n t i f i e r ( S I D 1 . 0 ) " . J B i o m e d I n f o r m . 2 0 1 1 A u g ; 4 4 ( 4 ) : 6 1 5 - 2 0 ) .
T h e d a t a S e v e r a l d a t a a b o u t m i R N A s a n d t h e i r t a r g e t f r o m s e v e r a l r e p o s i t o r i e s ( m i R B a s e , m i R W a l k , T a r B a s e ) B a s i c i n f o r m a t i o n : A m a t r i x w i t h m i R N A s a s c o l u m n s g e n e t r a n s c r i p t s a s r o w s 1 a t t h e i n t e r s e c t i o n b e t w e e n a m i R N A a n d a g e n e t r a n s c r i p t l i s t e d a s a t a r g e t f o r t h a t m i R N A ; 0 o t h e r w i s e
A v i s u a l r e p r e s e n t a t i o n o f t h e d a t a 6 7 7 m i R N A s x 2 3 6 8 3 g e n e t r a n s c r i p t s
T h e me a n i n g o f 0 1 6 0 3 3 3 9 1 e n t r i e s 4 8 7 4 0 9 e n t r i e s w i t h v a l u e 1 ( a b o u t 3 % ) v a l u e 1 m e a n s " a m a t c h b e t w e e n t h i s m i R N A a n d t h i s t r a n s c r i p t h a s b e e n f o u n d , s o t h i s g e n e i s a t a r g e t f o r t h i s m i R N A " v a l u e 0 m e a n s " a m a t c h b e t w e e n t h i s m i R N A a n d t h i s t r a n s c r i p t H A S N O T b e e n f o u n d , s o WE D O N ' T K N O W w h e t h e r t h i s g e n e i s a t a r g e t f o r t h i s m i R N A " 0 d o e s n o t m e a n " n o m a t c h " , b u t " m a t c h n o t f o u n d " E i t h e r b e c a u s e n o t v a l i d a t e d , o r b e c a u s e n o t e v e n t e s t e d
A R o s e t t a s t o n e H y p o t h e s i s : p a t t e r n s i n t h e d a t a m a y h e l p s u g g e s t i n g w h e n z e r o e s s t a n d f o r " p o s s i b l e m a t c h b u t n o t t e s t e d y e t " P a r t s o f t h e m a t r i x f o r w h i c h t h e m e a n i n g i s k n o w n m a y h e l p i n d e c o d i n g o t h e r p a r t s
Recommend
More recommend
