Exploiting transcriptomic data in genome scale metabolic networks: - - PowerPoint PPT Presentation

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C om omput puta tj tj on onal D Dat ata S a Scien cience ce ( CD CDS ) Lab Lab Exploiting transcriptomic data in genome scale metabolic networks: new insight into obesity Flash poster presentation (Poster P5) NETTAB 2017

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Exploiting transcriptomic data in genome scale metabolic networks: new insight into obesity

NETTAB ¡2017 ¡Workshop, ¡Palermo, ¡October ¡16-‑18, ¡2017 ¡

Flash poster presentation (Poster P5)

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Dat ata S a Scien cience ce (CD CDS) Lab Lab Ilaria ¡Granata ¡(P5) ¡

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NETTAB ¡2017 ¡Workshop, ¡Palermo, ¡October ¡16-‑18, ¡2017 ¡ Ilaria Granata (Poster P5) ¡

Obesity & Breast Cancer Genome-scale Metabolic Network

Ilaria ¡Granata ¡(P5) ¡

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Genome Scale Metabolic Model: iAdipocytes 1809

(Mardinoglu et al. 2013)

Transcriptomic Dataset: Integrative Method:

NETTAB ¡2017 ¡Workshop, ¡Palermo, ¡October ¡16-‑18, ¡2017 ¡ Ilaria ¡Granata ¡(P5) ¡

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RESULTS

Gene expression Reactions with changing fluxes NETTAB ¡2017 ¡Workshop, ¡Palermo, ¡October ¡16-‑18, ¡2017 ¡ Ilaria ¡Granata ¡(P5) ¡

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RESULTS

In Luminal A subtype the reactions associated to cholesterol transport and esterification showed different rates between lean and obese subjects

NETTAB ¡2017 ¡Workshop, ¡Palermo, ¡October ¡16-‑18, ¡2017 ¡ Ilaria ¡Granata ¡(P5) ¡

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RESULTS

NETTAB ¡2017 ¡Workshop, ¡Palermo, ¡October ¡16-‑18, ¡2017 ¡ Ilaria ¡Granata ¡(P5) ¡

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Acknowledgements

Mario ¡Rosario ¡Guarracino ¡ Mara ¡Sangiovanni Enrico ¡Troiano

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Conclusions

NETTAB ¡2017 ¡Workshop, ¡Palermo, ¡October ¡16-‑18, ¡2017 ¡ Ilaria ¡Granata ¡(P5) ¡

The integration of gene expression data into the adipocyte GEM allowed

the identification of reactions and associated genes dysregulated in obese cancer patients.

The knowledge at metabolic level overcomes the limit of looking at the

gene expression alone without investigating the effect on cellular mechanisms.

Intracellular cholesterol accumulation, inferred by flux rates in LumA
bese women, is suggested to play an important role in development and

progression of breast cancer.

Further investigations are needed to unravel the differences in terms of

mechanisms and outcomes of the obesity-BC subtypes association.