SLIDE 18 5- Association Mapping – Stem Rust
Marker ¡ Chr ¡ Posi2on ¡ P ¡ MAF ¡ Allele ¡ R2 ¡ Effect ¡ Reference ¡QTL ¡in ¡the ¡region ¡ DArT ¡Markers ¡
wPt-‑732812 ¡ 2BS ¡
0.00083 ¡ 84.5 ¡ 1 ¡ 6.1 ¡ 7.2 ¡ Sr40 ¡(Wu ¡et ¡al., ¡2009) ¡ ¡ wPt-‑1064 ¡ 2BS ¡ 66.4 ¡ 0.00284 ¡ 83.4 ¡ 1 ¡ 4.74 ¡ 5.4 ¡ wPt-‑6011 ¡ 3DL ¡ 160.2 ¡ 0.00003 ¡ 94.4 ¡ 0 ¡ 9.61 ¡ 15.6 ¡ Sr24 ¡(Mago ¡et ¡al. ¡2005; ¡Yu ¡et ¡al., ¡2012; ¡ McIntosh ¡et ¡al. ¡2012) ¡ wPt-‑667430 ¡ 3DL ¡
0.00080 ¡ 84.5 ¡ 1 ¡ 6 ¡ 7.0 ¡ wPt-‑0485 ¡ 3DL ¡ 160.2 ¡ 0.00043 ¡ 90.1 ¡ 1 ¡ 6.75 ¡ 9.5 ¡ wPt-‑0524 ¡ 3DL ¡ 160.2 ¡ 0.00001 ¡ 94.9 ¡ 0 ¡ 11.19 ¡ 17.8 ¡ wPt-‑2374 ¡ 3DL ¡ 160.2 ¡ 0.00003 ¡ 94.4 ¡ 0 ¡ 9.61 ¡ 15.7 ¡ wPt-‑2795 ¡ 3DL ¡ 160.2 ¡ 0.00003 ¡ 94.4 ¡ 0 ¡ 9.58 ¡ 15.7 ¡ wPt-‑4276 ¡ 3DL ¡ 160.2 ¡ 0.00003 ¡ 94.4 ¡ 0 ¡ 9.58 ¡ 15.7 ¡ wPt-‑7265 ¡ 3DL ¡
0.00187 ¡ 89.6 ¡ 1 ¡ 5.23 ¡ 7.5 ¡ wPt-‑9470 ¡ 3DL ¡ 160.2 ¡ 0.00003 ¡ 94.7 ¡ 0 ¡ 9.68 ¡ 16.1 ¡ wPt-‑9989 ¡ 3DL ¡ 151.8 ¡ 0.00293 ¡ 89.2 ¡ 1 ¡ 4.69 ¡ 6.8 ¡ wPt-‑5231 ¡ 5AL ¡ 111.5 ¡ 0.00204 ¡ 53.6 ¡ 0 ¡ 5.79 ¡
QTL ¡(Leka ¡et ¡al., ¡2013) ¡ wPt-‑5462 ¡ 7BL ¡ 214.8 ¡ 0.00189 ¡ 61.7 ¡ 1 ¡ 5.13 ¡ 5.8 ¡ Sr17/Lr14a/Pm5 ¡(Yu ¡et ¡al. ¡2011, ¡2012) ¡
SNP ¡Markers ¡
wsnp_Ra_rep_c109853_92677055 ¡ 2BS ¡ 188.8 ¡ 0.00076 ¡ 89.1 ¡ B ¡ 6.44 ¡ 10.6 ¡ QTL ¡(Kolmer ¡et ¡al. ¡2011) ¡ wsnp_Ex_c8695_14561512 ¡ 3BS ¡ 64.6 ¡ 0.00168 ¡ 81.6 ¡ B ¡ 5.32 ¡
Sr2 ¡(Spielmeyer ¡et ¡al. ¡2003) ¡ wsnp_CAP11_c575_392117 ¡ 4BS ¡ 68.3 ¡ 0.00054 ¡ 70.3 ¡ A ¡ 7 ¡
QSr.spa-‑4B.1 ¡(Singh ¡et ¡al., ¡2013) ¡ wsnp_Ex_c13849_21698240 ¡ 4BS ¡ 67.5 ¡ 0.00020 ¡ 68.0 ¡ A ¡ 8.27 ¡
wsnp_Ex_c2219_4159221 ¡ 7AL ¡ 69.8 ¡ 0.00055 ¡ 64.8 ¡ B ¡ 6.87 ¡
Sr15 ¡(Crossa ¡et ¡al., ¡2007); ¡Sr22 ¡(Yu ¡et ¡al., ¡ 2012) ¡ wsnp_Ku_c340_706774 ¡ 7AL ¡ 69.8 ¡ 0.00055 ¡ 64.8 ¡ B ¡ 6.87 ¡
wsnp_BF483648B_Ta_2_1 ¡ 7BL ¡ 65.6 ¡ 0.00038 ¡ 57.9 ¡ A ¡ 9.47 ¡ 10.8 ¡ Sr17/Lr14a/Pm5 ¡(Yu ¡et ¡al. ¡2011, ¡2012) ¡