2015 VisREU midterm presentation Mentors: Karan Sapra, - - PowerPoint PPT Presentation
funded by NSF ACI Grant No. 1359223 Amari Lewis 2015 VisREU midterm presentation Mentors: Karan Sapra, Dr. Alex Feltus, Dr. Melissa Smith
¡ Mentors: ¡Karan ¡Sapra, ¡Dr. ¡Alex ¡Feltus, ¡Dr. ¡Melissa ¡Smith ¡ ¡ Visualization ¡mentor: ¡Dr. ¡Jill ¡Gemmill ¡
funded ¡by ¡NSF ¡ACI ¡Grant ¡No. ¡1359223 ¡
¡ Maize ¡and ¡Rice ¡networks ¡ ¡ through ¡gene ¡interaction ¡graphs ¡ Big ¡data ¡ Sufficient ¡visualization ¡ valuable ¡information ¡ ¡ ¡
Utilizing ¡Ensembl-‑rest ¡Application ¡Programming ¡ Interface, ¡database ¡(version ¡4.2) ¡ the ¡Gene ¡Ontology ¡information ¡
Gene ¡ID: ¡ Description: ¡ ¡ Type ¡of ¡gene: ¡independent/dependent ¡
Parsing ¡(.json) ¡file ¡in ¡python ¡
Biologists ¡can ¡gain ¡new ¡informational ¡about ¡genes ¡ ¡ Understanding ¡systems ¡genetics ¡ ¡ Vizualization ¡goal: ¡gPICTviz ¡
Create ¡an ¡interactive ¡Visualization ¡tool ¡for ¡biologists ¡ ¡ High ¡dimensional ¡ ¡ To ¡visualize ¡multiple ¡networks ¡(10-‑100 ¡networks) ¡ ¡
Identify ¡correct ¡in-‑species ¡gene ¡mixture ¡for ¡crop ¡improvement ¡ ¡ ¡natural ¡breeding ¡as ¡an ¡alternative ¡to ¡genetically ¡modified ¡
¡ Using ¡QT ¡to ¡create ¡the ¡interactive ¡query ¡tool ¡
Interact ¡with ¡nodes ¡ User ¡can ¡send ¡and ¡receive ¡information ¡ Display ¡text ¡attribute ¡window ¡
Integrating ¡with ¡Kathleen’s ¡project ¡ ¡ Faster ¡results ¡ ¡ Visualize ¡multiple ¡networks ¡(10-‑100 ¡networks) ¡ ¡ ¡
Thank ¡you ¡for ¡listening, ¡ any ¡questions? ¡