Automatic annotation of ICD-to-MedDRA mappings with SKOS predicates - - PowerPoint PPT Presentation

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Automatic annotation of ICD-to-MedDRA mappings with SKOS predicates Gunnar DECLERCK a , Julien SOUVIGNET a,b , Jean-Marie RODRIGUES a,b and Marie- Christine JAULENT a a INSERM, U1142, LIMICS, F-75006, Paris, France; Sorbonne Universits, UPMC

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Automatic annotation of ICD-to-MedDRA mappings with SKOS predicates

Gunnar DECLERCKa, Julien SOUVIGNETa,b, Jean-Marie RODRIGUESa,b and Marie- Christine JAULENTa

a INSERM, U1142, LIMICS, F-75006, Paris, France; Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06, UMR_S

1142, LIMICS, F-75006, Paris, France; Université Paris 13, Sorbonne Paris Cité, LIMICS, (UMR_S 1142), F-93430, Villetaneuse, France.

b Univ. of Saint Etienne, Department of Public Health and Medical Informatics

gunnar.declerck@upmc.fr, souvignet.julien@gmail.com

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Background

} Aligning biomedical terminologies is a necessary step to achieve semantic

interoperability between health information systems

} i.e. for data integration, data reuse and data sharing

} e.g. secondary use of electronic health record (EHR) data for clinical research,

statistical or billing purposes

} Context of drug safety and pharmacovigilance:

} International Classification of Diseases (ICD) : frequently used to capture clinical

information in healthcare settings

} Medical Dictionary for Drug Regulatory Activities (MedDRA) : used to record adverse

drug reactions (ADR) data and is recommended for the electronic transmission

f safety reports

} An alignment between ICD and MedDRA is a prerequisite to use medical

data available in EHR systems for ADR reporting or for mining EHRs or administrative data to detect ADRs

September 1st, 2014 MIE 2014, Istanbul

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} ICD-to-MedDRA mappings are available (e.g. from UMLS Metathesaurus,

OMOP or BioPortal) but the meaning of the alignment relation is not described:

} Codes associated with the same UMLS concept (CUI) as possible “synonyms”

may correspond to exact match terms, lexical variants, more granular terms…

} Mappings poorly exploitable in an automatic way,

} SKOS (Simple Knowledge Organization System) could be used to achieve

quality mappings

} Problem: Too many terms and ICD-to-MedDRA mappings to do the job manually } Solution: use rules to deduce automatically for ICD-to-MedDRA mappings available

the appropriate SKOS mapping property.

September 1st, 2014 MIE 2014, Istanbul

Background

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Material

} ICD-10 to MedDRA 16.0 mappings extracted from UMLS (2013 AA)

September 1st, 2014 MIE 2014, Istanbul

} 13,505 ICD codes } 93,948 MedDRA codes

}

Junction query associating both codes when same CUI

} Several MedDRA terms can be

mapped to the same ICD term

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} ICD-10 to MedDRA 16.0 mappings extracted from UMLS (2013 AA)

} 13,505 ICD codes } 93,948 MedDRA codes

}

Junction query associating both codes when same CUI

} Several MedDRA terms can be

mapped to the same ICD term

} The same MedDRA term can

be mapped to several ICD terms

September 1st, 2014 MIE 2014, Istanbul

Material

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Method

September 1st, 2014 MIE 2014, Istanbul

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For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A00 ¡ Cholera ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ A00.1 ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ 01, ¡biovar ¡eltor ¡ 10008633 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡el ¡tor ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A01 ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ 10045273 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045275 ¡ PT ¡ Typhoid ¡fever ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10014862 ¡ LLT ¡ Enteric ¡fever ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045272 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10039446 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡typhi ¡infecBon ¡ A01.1 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ 10033972 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ A01.2 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ 10033973 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ A01.3 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ 10033974 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033975 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033971 ¡ PT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033970 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10039441 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡paratyphi ¡infecBon ¡ A02 ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10032454 ¡ LLT ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039433 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039434 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡gastroenteriBs ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10017914 ¡ PT ¡ GastroenteriBs ¡salmonella ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039443 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡poisoning ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039444 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039445 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcemia ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10054617 ¡ LLT ¡ SepBcemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10040084 ¡ LLT ¡ SepBcaemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10058878 ¡ PT ¡ Salmonella ¡sepsis ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024783 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024782 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBon, ¡unsp. ¡ A02.8 ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡inf. ¡ 10032887 ¡ LLT ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡infecBons ¡

SLIDE 8

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition :

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A00 ¡ Cholera ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ A00.1 ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ 01, ¡biovar ¡eltor ¡ 10008633 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡el ¡tor ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A01 ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ 10045273 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045275 ¡ PT ¡ Typhoid ¡fever ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10014862 ¡ LLT ¡ Enteric ¡fever ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045272 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10039446 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡typhi ¡infecBon ¡ A01.1 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ 10033972 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ A01.2 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ 10033973 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ A01.3 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ 10033974 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033975 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033971 ¡ PT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033970 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10039441 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡paratyphi ¡infecBon ¡ A02 ¡ Other ¡salmonella ¡infecMons ¡ 10032454 ¡ LLT ¡ Other ¡salmonella ¡infecMons ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039433 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039434 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡gastroenteriBs ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10017914 ¡ PT ¡ GastroenteriBs ¡salmonella ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039443 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡poisoning ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039444 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039445 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcemia ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10054617 ¡ LLT ¡ SepBcemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10040084 ¡ LLT ¡ SepBcaemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10058878 ¡ PT ¡ Salmonella ¡sepsis ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024783 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024782 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBon, ¡unsp. ¡ A02.8 ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡inf. ¡ 10032887 ¡ LLT ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡infecMons ¡

SLIDE 9

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A00 ¡ Cholera ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ A00.1 ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ 01, ¡biovar ¡eltor ¡ 10008633 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡el ¡tor ¡ exact ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A01 ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ 10045273 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ exact ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045275 ¡ PT ¡ Typhoid ¡fever ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10014862 ¡ LLT ¡ Enteric ¡fever ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045272 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10039446 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡typhi ¡infecBon ¡ A01.1 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ 10033972 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ exact ¡ A01.2 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ 10033973 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ exact ¡ A01.3 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ 10033974 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ exact ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033975 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033971 ¡ PT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033970 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10039441 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡paratyphi ¡infecBon ¡ A02 ¡ Other ¡salmonella ¡infecMons ¡ 10032454 ¡ LLT ¡ Other ¡salmonella ¡infecMons ¡ exact ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039433 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039434 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡gastroenteriBs ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10017914 ¡ PT ¡ GastroenteriBs ¡salmonella ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039443 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡poisoning ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039444 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039445 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcemia ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10054617 ¡ LLT ¡ SepBcemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10040084 ¡ LLT ¡ SepBcaemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10058878 ¡ PT ¡ Salmonella ¡sepsis ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024783 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024782 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBon, ¡unsp. ¡ A02.8 ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡inf. ¡ 10032887 ¡ LLT ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡infecMons ¡ exact ¡

SLIDE 10

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

(2)

Several propositions :

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A00 ¡ Cholera ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ A00.1 ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ 01, ¡biovar ¡eltor ¡ 10008633 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡el ¡tor ¡ exact ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A01 ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ 10045273 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ exact ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045275 ¡ PT ¡ Typhoid ¡fever ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10014862 ¡ LLT ¡ Enteric ¡fever ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045272 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10039446 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡typhi ¡infecBon ¡ A01.1 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ 10033972 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ exact ¡ A01.2 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ 10033973 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ exact ¡ A01.3 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ 10033974 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ exact ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033975 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033971 ¡ PT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033970 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10039441 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡paratyphi ¡infecBon ¡ A02 ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10032454 ¡ LLT ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039433 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039434 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡gastroenteriBs ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10017914 ¡ PT ¡ GastroenteriBs ¡salmonella ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039443 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡poisoning ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039444 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039445 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcemia ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10054617 ¡ LLT ¡ SepBcemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10040084 ¡ LLT ¡ SepBcaemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10058878 ¡ PT ¡ Salmonella ¡sepsis ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024783 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024782 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBon, ¡unsp. ¡ A02.8 ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡inf. ¡ 10032887 ¡ LLT ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡

SLIDE 11

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

(2)

Several propositions :

(a)

Among the propositions, there is a string match with term “Med 1”:

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A00 ¡ Cholera ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ A00.1 ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ 01, ¡biovar ¡eltor ¡ 10008633 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡el ¡tor ¡ exact ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A01 ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ 10045273 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ exact ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045275 ¡ PT ¡ Typhoid ¡fever ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10014862 ¡ LLT ¡ Enteric ¡fever ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045272 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10039446 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡typhi ¡infecBon ¡ A01.1 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ 10033972 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ exact ¡ A01.2 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ 10033973 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ exact ¡ A01.3 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ 10033974 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ exact ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033975 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033971 ¡ PT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033970 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10039441 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡paratyphi ¡infecBon ¡ A02 ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10032454 ¡ LLT ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriMs ¡ 10039433 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡enteriMs ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039434 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡gastroenteriBs ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10017914 ¡ PT ¡ GastroenteriBs ¡salmonella ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039443 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡poisoning ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepMcaemia ¡ 10039444 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepMcaemia ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039445 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcemia ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10054617 ¡ LLT ¡ SepBcemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10040084 ¡ LLT ¡ SepBcaemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10058878 ¡ PT ¡ Salmonella ¡sepsis ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecMons ¡ 10024783 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecMons ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024782 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBon, ¡unsp. ¡ A02.8 ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡inf. ¡ 10032887 ¡ LLT ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡

SLIDE 12

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

(2)

Several propositions :

(a)

Among the propositions, there is a string match with term “Med 1”: exactMatch

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A00 ¡ Cholera ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ exact ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ A00.1 ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ 01, ¡biovar ¡eltor ¡ 10008633 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡el ¡tor ¡ exact ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ exact ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A01 ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ 10045273 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ exact ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045275 ¡ PT ¡ Typhoid ¡fever ¡ exact ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10014862 ¡ LLT ¡ Enteric ¡fever ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045272 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10039446 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡typhi ¡infecBon ¡ A01.1 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ 10033972 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ exact ¡ A01.2 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ 10033973 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ exact ¡ A01.3 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ 10033974 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ exact ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033975 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ exact ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033971 ¡ PT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033970 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10039441 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡paratyphi ¡infecBon ¡ A02 ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10032454 ¡ LLT ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriMs ¡ 10039433 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡enteriMs ¡ exact ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039434 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡gastroenteriBs ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10017914 ¡ PT ¡ GastroenteriBs ¡salmonella ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039443 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡poisoning ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepMcaemia ¡ 10039444 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepMcaemia ¡ exact ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039445 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcemia ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10054617 ¡ LLT ¡ SepBcemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10040084 ¡ LLT ¡ SepBcaemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10058878 ¡ PT ¡ Salmonella ¡sepsis ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecMons ¡ 10024783 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecMons ¡ exact ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024782 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBon, ¡unsp. ¡ A02.8 ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡inf. ¡ 10032887 ¡ LLT ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡

SLIDE 13

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

(2)

Several propositions :

(a)

Among the propositions, there is a string match with term “Med 1”: exactMatch

(a.1) “Med 1” is a LLT (“LLT1”)

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

SLIDE 14

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

(2)

Several propositions :

(a)

Among the propositions, there is a string match with term “Med 1”: exactMatch

(a.1) “Med 1” is a LLT (“LLT1”) → ICD1 is mapped with the PT above LLT1 with a broadMatch

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A00 ¡ Cholera ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ exact ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ A00.1 ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ 01, ¡biovar ¡eltor ¡ 10008633 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡el ¡tor ¡ exact ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ exact ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ broad ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A01 ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ 10045273 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ exact ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045275 ¡ PT ¡ Typhoid ¡fever ¡ exact ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10014862 ¡ LLT ¡ Enteric ¡fever ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045272 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10039446 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡typhi ¡infecBon ¡ A01.1 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ 10033972 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ exact ¡ A01.2 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ 10033973 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ exact ¡ A01.3 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ 10033974 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ exact ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033975 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ exact ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033971 ¡ PT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡ broad ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033970 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10039441 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡paratyphi ¡infecBon ¡ A02 ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10032454 ¡ LLT ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriMs ¡ 10039433 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡enteriMs ¡ exact ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039434 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡gastroenteriBs ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriMs ¡ 10017914 ¡ PT ¡ GastroenteriMs ¡salmonella ¡ broad ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039443 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡poisoning ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepMcaemia ¡ 10039444 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepMcaemia ¡ exact ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039445 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcemia ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10054617 ¡ LLT ¡ SepBcemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10040084 ¡ LLT ¡ SepBcaemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepMcaemia ¡ 10058878 ¡ PT ¡ Salmonella ¡sepsis ¡ broad ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecMons ¡ 10024783 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecMons ¡ exact ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024782 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBon, ¡unsp. ¡ A02.8 ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡inf. ¡ 10032887 ¡ LLT ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡

SLIDE 15

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

(2)

Several propositions :

(a)

Among the propositions, there is a string match with term “Med 1”: exactMatch

(a.1) “Med 1” is a LLT (“LLT1”) → ICD1 is mapped with the PT above LLT1 with a broadMatch → ICD1 is mapped with the LLTs brothers of LLT1 with a relatedMatch

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A00 ¡ Cholera ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ exact ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ A00.1 ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ 01, ¡biovar ¡eltor ¡ 10008633 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡el ¡tor ¡ exact ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ exact ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ broad ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ related ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ related ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriMs ¡ related ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriMs ¡ related ¡ A01 ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ 10045273 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ exact ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045275 ¡ PT ¡ Typhoid ¡fever ¡ exact ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10014862 ¡ LLT ¡ Enteric ¡fever ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045272 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10039446 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡typhi ¡infecBon ¡ A01.1 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ 10033972 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ exact ¡ A01.2 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ 10033973 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ exact ¡ A01.3 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ 10033974 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ exact ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033975 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ exact ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033971 ¡ PT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡ broad ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033970 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡ related ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10039441 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡paratyphi ¡infecMon ¡ related ¡ A02 ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10032454 ¡ LLT ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriMs ¡ 10039433 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡enteriMs ¡ exact ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriMs ¡ 10039434 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡gastroenteriMs ¡ related ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriMs ¡ 10017914 ¡ PT ¡ GastroenteriMs ¡salmonella ¡ broad ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriMs ¡ 10039443 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡poisoning ¡ related ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039444 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ exact ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepMcaemia ¡ 10039445 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepMcemia ¡ related ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepMcaemia ¡ 10054617 ¡ LLT ¡ SepMcemia ¡salmonella ¡ related ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepMcaemia ¡ 10040084 ¡ LLT ¡ SepMcaemia ¡salmonella ¡ related ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepMcaemia ¡ 10058878 ¡ PT ¡ Salmonella ¡sepsis ¡ broad ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecMons ¡ 10024783 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecMons ¡ exact ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecMons ¡ 10024782 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecMon, ¡unsp. ¡ related ¡ A02.8 ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡inf. ¡ 10032887 ¡ LLT ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡

« skos:related enables the representation of associative (non-hierarchical) links, such as the relationship between

ne type of event and a category of entities which typically

participate in it. Another use for skos:related is between two categories where neither is more general or more

specific. Note that skos:related enables the representation
f associative (non-hierarchical) links, which can also be

used to represent part-whole links that are not meant as hierarchical relationships. » http://www.w3.org/TR/skos-primer/

SLIDE 16

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

(2)

Several propositions :

(a)

Among the propositions, there is a string match with term “Med 1”: exactMatch

(a.1) “Med 1” is a LLT (“LLT1”) → ICD1 is mapped with the PT above LLT1 with a broadMatch → ICD1 is mapped with the LLTs brothers of LLT1 with a relatedMatch (a.2) “Med 1” is a PT (“PT1”)

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A00 ¡ Cholera ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ exact ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ A00.1 ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ 01, ¡biovar ¡eltor ¡ 10008633 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡el ¡tor ¡ exact ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ exact ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ broad ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ related ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ related ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ related ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ related ¡ A01 ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ 10045273 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ exact ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045275 ¡ PT ¡ Typhoid ¡fever ¡ exact ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10014862 ¡ LLT ¡ Enteric ¡fever ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045272 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10039446 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡typhi ¡infecBon ¡ A01.1 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ 10033972 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ exact ¡ A01.2 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ 10033973 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ exact ¡ A01.3 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ 10033974 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ exact ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033975 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ exact ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033971 ¡ PT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡ broad ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033970 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡ related ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10039441 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡paratyphi ¡infecBon ¡ related ¡ A02 ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10032454 ¡ LLT ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039433 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ exact ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039434 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡gastroenteriBs ¡ related ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10017914 ¡ PT ¡ GastroenteriBs ¡salmonella ¡ broad ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039443 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡poisoning ¡ related ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039444 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ exact ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039445 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcemia ¡ related ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10054617 ¡ LLT ¡ SepBcemia ¡salmonella ¡ related ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10040084 ¡ LLT ¡ SepBcaemia ¡salmonella ¡ related ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10058878 ¡ PT ¡ Salmonella ¡sepsis ¡ broad ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024783 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024782 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBon, ¡unsp. ¡ related ¡ A02.8 ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡inf. ¡ 10032887 ¡ LLT ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡

SLIDE 17

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

(2)

Several propositions :

(a)

Among the propositions, there is a string match with term “Med 1”: exactMatch

(a.1) “Med 1” is a LLT (“LLT1”) → ICD1 is mapped with the PT above LLT1 with a broadMatch → ICD1 is mapped with the LLTs brothers of LLT1 with a relatedMatch (a.2) “Med 1” is a PT (“PT1”) → ICD1 is mapped with the LLTs below PT1 with a narrowMatch

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A00 ¡ Cholera ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ exact ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ narrow ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriMs ¡ narrow ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriMs ¡ narrow ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ narrow ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ narrow ¡ A00.1 ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ 01, ¡biovar ¡eltor ¡ 10008633 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡el ¡tor ¡ exact ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ exact ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ broad ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ related ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ related ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ related ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ related ¡ A01 ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ 10045273 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ exact ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045275 ¡ PT ¡ Typhoid ¡fever ¡ exact ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10014862 ¡ LLT ¡ Enteric ¡fever ¡ narrow ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045272 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡ narrow ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10039446 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡typhi ¡infecMon ¡ narrow ¡ A01.1 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ 10033972 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ exact ¡ A01.2 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ 10033973 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ exact ¡ A01.3 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ 10033974 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ exact ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033975 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ exact ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033971 ¡ PT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡ broad ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033970 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡ related ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10039441 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡paratyphi ¡infecBon ¡ related ¡ A02 ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10032454 ¡ LLT ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039433 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ exact ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039434 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡gastroenteriBs ¡ related ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10017914 ¡ PT ¡ GastroenteriBs ¡salmonella ¡ broad ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039443 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡poisoning ¡ related ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039444 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ exact ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039445 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcemia ¡ related ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10054617 ¡ LLT ¡ SepBcemia ¡salmonella ¡ related ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10040084 ¡ LLT ¡ SepBcaemia ¡salmonella ¡ related ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10058878 ¡ PT ¡ Salmonella ¡sepsis ¡ broad ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024783 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024782 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBon, ¡unsp. ¡ related ¡ A02.8 ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡inf. ¡ 10032887 ¡ LLT ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡

SLIDE 18

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

(2)

Several propositions :

(b)

Among the propositions, there is a no string match

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A04.3 ¡ Enterohaemorrhagic ¡Escherichia ¡coli ¡ infecBon ¡ 10055861 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡ enterohaemorrhagic ¡E. ¡coli ¡ A04.3 ¡ Enterohaemorrhagic ¡Escherichia ¡coli ¡ infecBon ¡ 10022662 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡ enterohemorrhagic ¡E. ¡coli ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10007048 ¡ PT ¡ Campylobacter ¡gastroenteriBs ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10007046 ¡ LLT ¡ Campylobacter ¡diarrhoea ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10012730 ¡ LLT ¡ Diarrhea ¡campylobacter ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10012739 ¡ LLT ¡ Diarrhoea ¡campylobacter ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10022660 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡ campylobacter ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10007045 ¡ LLT ¡ Camphylobacter ¡diarrhea ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10017897 ¡ LLT ¡ GastroenteriBs ¡campylobacter ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10053137 ¡ LLT ¡ Campylobacter ¡intesBnal ¡infecBon ¡ A04.6 ¡ EnteriBs ¡due ¡to ¡Yersinia ¡ enterocoliBca ¡ 10054159 ¡ LLT ¡ Yersinia ¡enterocoliBca ¡infecBon ¡ A04.6 ¡ EnteriBs ¡due ¡to ¡Yersinia ¡ enterocoliBca ¡ 10022677 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡yersinia ¡ enterocoliBca ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriBs ¡ 10017913 ¡ PT ¡ GastroenteriBs ¡rotavirus ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriBs ¡ 10039232 ¡ LLT ¡ Rotavirus ¡gastroenteriBs ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriBs ¡ 10039230 ¡ LLT ¡ Rotaviral ¡gastroenteriBs ¡

SLIDE 19

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

(2)

Several propositions :

(b)

Among the propositions, there is a no string match

(b.1) Among the propositions, there is a PT (“PT1”)

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A04.3 ¡ Enterohaemorrhagic ¡Escherichia ¡coli ¡ infecBon ¡ 10055861 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡ enterohaemorrhagic ¡E. ¡coli ¡ A04.3 ¡ Enterohaemorrhagic ¡Escherichia ¡coli ¡ infecBon ¡ 10022662 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡ enterohemorrhagic ¡E. ¡coli ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriMs ¡ 10007048 ¡ PT ¡ Campylobacter ¡gastroenteriMs ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10007046 ¡ LLT ¡ Campylobacter ¡diarrhoea ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10012730 ¡ LLT ¡ Diarrhea ¡campylobacter ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10012739 ¡ LLT ¡ Diarrhoea ¡campylobacter ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10022660 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡ campylobacter ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10007045 ¡ LLT ¡ Camphylobacter ¡diarrhea ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10017897 ¡ LLT ¡ GastroenteriBs ¡campylobacter ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10053137 ¡ LLT ¡ Campylobacter ¡intesBnal ¡infecBon ¡ A04.6 ¡ EnteriBs ¡due ¡to ¡Yersinia ¡ enterocoliBca ¡ 10054159 ¡ LLT ¡ Yersinia ¡enterocoliBca ¡infecBon ¡ A04.6 ¡ EnteriBs ¡due ¡to ¡Yersinia ¡ enterocoliBca ¡ 10022677 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡yersinia ¡ enterocoliBca ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriMs ¡ 10017913 ¡ PT ¡ GastroenteriMs ¡rotavirus ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriBs ¡ 10039232 ¡ LLT ¡ Rotavirus ¡gastroenteriBs ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriBs ¡ 10039230 ¡ LLT ¡ Rotaviral ¡gastroenteriBs ¡

SLIDE 20

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

(2)

Several propositions :

(b)

Among the propositions, there is a no string match

(b.1) Among the propositions, there is a PT (“PT1”) → ICD1 is mapped with PT1 with an exactMatch

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A04.3 ¡ Enterohaemorrhagic ¡Escherichia ¡coli ¡ infecBon ¡ 10055861 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡ enterohaemorrhagic ¡E. ¡coli ¡ A04.3 ¡ Enterohaemorrhagic ¡Escherichia ¡coli ¡ infecBon ¡ 10022662 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡ enterohemorrhagic ¡E. ¡coli ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriMs ¡ 10007048 ¡ PT ¡ Campylobacter ¡gastroenteriMs ¡ exact ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10007046 ¡ LLT ¡ Campylobacter ¡diarrhoea ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10012730 ¡ LLT ¡ Diarrhea ¡campylobacter ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10012739 ¡ LLT ¡ Diarrhoea ¡campylobacter ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10022660 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡ campylobacter ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10007045 ¡ LLT ¡ Camphylobacter ¡diarrhea ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10017897 ¡ LLT ¡ GastroenteriBs ¡campylobacter ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10053137 ¡ LLT ¡ Campylobacter ¡intesBnal ¡infecBon ¡ A04.6 ¡ EnteriBs ¡due ¡to ¡Yersinia ¡ enterocoliBca ¡ 10054159 ¡ LLT ¡ Yersinia ¡enterocoliBca ¡infecBon ¡ A04.6 ¡ EnteriBs ¡due ¡to ¡Yersinia ¡ enterocoliBca ¡ 10022677 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡yersinia ¡ enterocoliBca ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriMs ¡ 10017913 ¡ PT ¡ GastroenteriMs ¡rotavirus ¡ exact ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriBs ¡ 10039232 ¡ LLT ¡ Rotavirus ¡gastroenteriBs ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriBs ¡ 10039230 ¡ LLT ¡ Rotaviral ¡gastroenteriBs ¡

SLIDE 21

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

(2)

Several propositions :

(b)

Among the propositions, there is a no string match

(b.1) Among the propositions, there is a PT (“PT1”) → ICD1 is mapped with PT1 with an exactMatch → ICD1 is mapped with the LLTs below PT1 with a narrowMatch

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A04.3 ¡ Enterohaemorrhagic ¡Escherichia ¡coli ¡ infecBon ¡ 10055861 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡ enterohaemorrhagic ¡E. ¡coli ¡ A04.3 ¡ Enterohaemorrhagic ¡Escherichia ¡coli ¡ infecBon ¡ 10022662 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡ enterohemorrhagic ¡E. ¡coli ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriMs ¡ 10007048 ¡ PT ¡ Campylobacter ¡gastroenteriMs ¡ exact ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriMs ¡ 10007046 ¡ LLT ¡ Campylobacter ¡diarrhoea ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriMs ¡ 10012730 ¡ LLT ¡ Diarrhea ¡campylobacter ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriMs ¡ 10012739 ¡ LLT ¡ Diarrhoea ¡campylobacter ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriMs ¡ 10022660 ¡ LLT ¡ IntesMnal ¡infecMon ¡due ¡to ¡ campylobacter ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriMs ¡ 10007045 ¡ LLT ¡ Camphylobacter ¡diarrhea ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriMs ¡ 10017897 ¡ LLT ¡ GastroenteriMs ¡campylobacter ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriMs ¡ 10053137 ¡ LLT ¡ Campylobacter ¡intesMnal ¡infecMon ¡ narrow ¡ A04.6 ¡ EnteriBs ¡due ¡to ¡Yersinia ¡ enterocoliBca ¡ 10054159 ¡ LLT ¡ Yersinia ¡enterocoliBca ¡infecBon ¡ A04.6 ¡ EnteriBs ¡due ¡to ¡Yersinia ¡ enterocoliBca ¡ 10022677 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡yersinia ¡ enterocoliBca ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriMs ¡ 10017913 ¡ PT ¡ GastroenteriMs ¡rotavirus ¡ exact ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriMs ¡ 10039232 ¡ LLT ¡ Rotavirus ¡gastroenteriMs ¡ narrow ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriMs ¡ 10039230 ¡ LLT ¡ Rotaviral ¡gastroenteriMs ¡ narrow ¡

SLIDE 22

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

(2)

Several propositions :

(b)

Among the propositions, there is a no string match

(b.1) Among the propositions, there is a PT (“PT1”) → ICD1 is mapped with PT1 with an exactMatch → ICD1 is mapped with the LLTs below PT1 with a narrowMatch (b.2) Among the propositions, there are

nly LLTs :

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A04.3 ¡ Enterohaemorrhagic ¡Escherichia ¡coli ¡ infecMon ¡ 10055861 ¡ LLT ¡ IntesMnal ¡infecMon ¡due ¡to ¡ enterohaemorrhagic ¡E. ¡coli ¡ A04.3 ¡ Enterohaemorrhagic ¡Escherichia ¡coli ¡ infecMon ¡ 10022662 ¡ LLT ¡ IntesMnal ¡infecMon ¡due ¡to ¡ enterohemorrhagic ¡E. ¡coli ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10007048 ¡ PT ¡ Campylobacter ¡gastroenteriBs ¡ exact ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10007046 ¡ LLT ¡ Campylobacter ¡diarrhoea ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10012730 ¡ LLT ¡ Diarrhea ¡campylobacter ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10012739 ¡ LLT ¡ Diarrhoea ¡campylobacter ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10022660 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡ campylobacter ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10007045 ¡ LLT ¡ Camphylobacter ¡diarrhea ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10017897 ¡ LLT ¡ GastroenteriBs ¡campylobacter ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10053137 ¡ LLT ¡ Campylobacter ¡intesBnal ¡infecBon ¡ narrow ¡ A04.6 ¡ EnteriMs ¡due ¡to ¡Yersinia ¡ enterocoliMca ¡ 10054159 ¡ LLT ¡ Yersinia ¡enterocoliMca ¡infecMon ¡ A04.6 ¡ EnteriMs ¡due ¡to ¡Yersinia ¡ enterocoliMca ¡ 10022677 ¡ LLT ¡ IntesMnal ¡infecMon ¡due ¡to ¡yersinia ¡ enterocoliMca ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriBs ¡ 10017913 ¡ PT ¡ GastroenteriBs ¡rotavirus ¡ exact ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriBs ¡ 10039232 ¡ LLT ¡ Rotavirus ¡gastroenteriBs ¡ narrow ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriBs ¡ 10039230 ¡ LLT ¡ Rotaviral ¡gastroenteriBs ¡ narrow ¡

SLIDE 23

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

(2)

Several propositions :

(b)

Among the propositions, there is a no string match

nly LLTs : relatedMatch with all LLTs

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A04.3 ¡ Enterohaemorrhagic ¡Escherichia ¡coli ¡ infecMon ¡ 10055861 ¡ LLT ¡ IntesMnal ¡infecMon ¡due ¡to ¡ enterohaemorrhagic ¡E. ¡coli ¡ related ¡ A04.3 ¡ Enterohaemorrhagic ¡Escherichia ¡coli ¡ infecMon ¡ 10022662 ¡ LLT ¡ IntesMnal ¡infecMon ¡due ¡to ¡ enterohemorrhagic ¡E. ¡coli ¡ related ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10007048 ¡ PT ¡ Campylobacter ¡gastroenteriBs ¡ exact ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10007046 ¡ LLT ¡ Campylobacter ¡diarrhoea ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10012730 ¡ LLT ¡ Diarrhea ¡campylobacter ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10012739 ¡ LLT ¡ Diarrhoea ¡campylobacter ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10022660 ¡ LLT ¡ IntesBnal ¡infecBon ¡due ¡to ¡ campylobacter ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10007045 ¡ LLT ¡ Camphylobacter ¡diarrhea ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10017897 ¡ LLT ¡ GastroenteriBs ¡campylobacter ¡ narrow ¡ A04.5 ¡ Campylobacter ¡enteriBs ¡ 10053137 ¡ LLT ¡ Campylobacter ¡intesBnal ¡infecBon ¡ narrow ¡ A04.6 ¡ EnteriMs ¡due ¡to ¡Yersinia ¡ enterocoliMca ¡ 10054159 ¡ LLT ¡ Yersinia ¡enterocoliMca ¡infecMon ¡ related ¡ A04.6 ¡ EnteriMs ¡due ¡to ¡Yersinia ¡ enterocoliMca ¡ 10022677 ¡ LLT ¡ IntesMnal ¡infecMon ¡due ¡to ¡yersinia ¡ enterocoliMca ¡ related ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriBs ¡ 10017913 ¡ PT ¡ GastroenteriBs ¡rotavirus ¡ exact ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriBs ¡ 10039232 ¡ LLT ¡ Rotavirus ¡gastroenteriBs ¡ narrow ¡ A08.0 ¡ Rotaviral ¡enteriBs ¡ 10039230 ¡ LLT ¡ Rotaviral ¡gastroenteriBs ¡ narrow ¡

SLIDE 24

Results

} 11,646 ICD-to-MedDRA mappings extracted from UMLS:

} 4,603 ICD-10 codes } 10,078 MedDRA terms, } included in 4,178 distinct CUIs

} Approximately 32% of ICD-10 codes (national Clinical-Modifications are not

considered) are mapped to MedDRA (PT or LLT level) in UMLS.

} A SKOS predicate was generated for each ICD-to-MedDRA mapping } Results were evaluated on a random sample (257 mappings) by a medical

terminology expert

September 1st, 2014 MIE 2014, Istanbul

SLIDE 25

Results

} All categories included, approximately 50% of the generated SKOS predicates

proved to be correct (much better than chance level = 25%)

} skos:exactMatch properties

} generated for 82% of ICD-10 terms for which mappings were available. } almost all are correct (93.2±5.3 %)

} Only 15% of skos:relatedmatch and around 40% of skos:narrowMatch and

skos:broadMatch predicates are correct

September 1st, 2014 MIE 2014, Istanbul

SLIDE 26

Discussion

} Satisfying results for skos:exactMatch properties, which are the most

important for terminology alignment

} Performances less convincing for the other SKOS properties } Why ? } Difficulty: not all LLTs are more specific terms than PTs, some are synonyms

r lexical variants, and MedDRA does not distinguish between both

⇒ Generates incorrect SKOS properties

September 1st, 2014 MIE 2014, Istanbul

SLIDE 27

For a ICD-10 term “ICD1” with one or several mapping propositions with MedDRA :

(1)

Only one proposition : exactMatch

(2)

Several propositions :

(a)

Among the propositions, there is a string match with term “Med 1”: exactMatch

(a.1) “Med 1” is a LLT (“LLT1”) → ICD1 is mapped with the PT above LLT1 with a broadMatch

ICD10 ¡ MedDRA ¡ Match ¡

A00 ¡ Cholera ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ exact ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00 ¡ Cholera ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ A00.1 ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ 01, ¡biovar ¡eltor ¡ 10008633 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡el ¡tor ¡ exact ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008634 ¡ LLT ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ exact ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008631 ¡ PT ¡ Cholera ¡ broad ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10008632 ¡ LLT ¡ Cholera ¡due ¡to ¡Vibrio ¡cholerae ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10045658 ¡ LLT ¡ Unspecified ¡cholera ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047398 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholerae ¡gastroenteriBs ¡ A00.9 ¡ Cholera, ¡unspecified ¡ 10047397 ¡ LLT ¡ Vibrio ¡cholera ¡gastroenteriBs ¡ A01 ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ 10045273 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡and ¡paratyphoid ¡fevers ¡ exact ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045275 ¡ PT ¡ Typhoid ¡fever ¡ exact ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10014862 ¡ LLT ¡ Enteric ¡fever ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10045272 ¡ LLT ¡ Typhoid ¡ A01.0 ¡ Typhoid ¡fever ¡ 10039446 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡typhi ¡infecBon ¡ A01.1 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ 10033972 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡A ¡ exact ¡ A01.2 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ 10033973 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡B ¡ exact ¡ A01.3 ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ 10033974 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡C ¡ exact ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033975 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ exact ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033971 ¡ PT ¡ Paratyphoid ¡fever ¡ broad ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10033970 ¡ LLT ¡ Paratyphoid ¡ A01.4 ¡ Paratyphoid ¡fever, ¡unspecified ¡ 10039441 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡paratyphi ¡infecBon ¡ A02 ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10032454 ¡ LLT ¡ Other ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriMs ¡ 10039433 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡enteriMs ¡ exact ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039434 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡gastroenteriBs ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriMs ¡ 10017914 ¡ PT ¡ GastroenteriMs ¡salmonella ¡ broad ¡ A02.0 ¡ Salmonella ¡enteriBs ¡ 10039443 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡poisoning ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepMcaemia ¡ 10039444 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepMcaemia ¡ exact ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10039445 ¡ LLT ¡ Salmonella ¡sepBcemia ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10054617 ¡ LLT ¡ SepBcemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepBcaemia ¡ 10040084 ¡ LLT ¡ SepBcaemia ¡salmonella ¡ A02.1 ¡ Salmonella ¡sepMcaemia ¡ 10058878 ¡ PT ¡ Salmonella ¡sepsis ¡ broad ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecMons ¡ 10024783 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecMons ¡ exact ¡ A02.2 ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBons ¡ 10024782 ¡ LLT ¡ Localized ¡salmonella ¡infecBon, ¡unsp. ¡ A02.8 ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡inf. ¡ 10032887 ¡ LLT ¡ Other ¡specified ¡salmonella ¡infecBons ¡ exact ¡

Rule only valid when LLT1 is a more specific term than the related PT!

Sepsis and septicaemia seem to be sometimes used as synonyms. But in Snomed-CT, "Septicaemia" is a subkind of "Systemic infection" (syn. "sepsis"). LLT "Salmonella enteritis" is neither a synonym

f PT "Gastroenteritis salmonella", nor a more

specific term, but refers to a related condition (two subkinds of Salmonella infections) → relatedMatch

SLIDE 28

Discussion

} Can we improve the rules? } Yes. A new algorithm has already been built

} It includes rules (e.g. string matching) to detect LLTs and PTs that are synonyms } Radical improvement of performances

91.6% 96.6% 73.0% 75.0% 86.1%

September 1st, 2014 MIE 2014, Istanbul

SLIDE 29

Conclusion

} Automatic methods can be used to improve the quality of terminology

mappings.

} The algorithm was tested on ICD-to-MedDRA mappings extracted from

UMLS, but it can in principle be used for other terminologies and mapping sources.

} The performances of this kind of algorithms mainly depend on the quality

f terminologies being aligned.

} Building terminologies with more systematic principles and more transparent

hierarchical relations facilitates their alignment.

} Formal knowledge representation languages such as the Web Ontology language

(OWL) can help in this task.

September 1st, 2014 MIE 2014, Istanbul